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    La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.

    Date : dimanche 29 mars 18h au vendredi 03 avril 2026

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    Présentation de la formation

    La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques. 
    L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.
    Cette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.
    Les sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.
    Par ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données (Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).
    Ce mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.
    L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).
    Les participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.

    Public visé
    

    Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.
    Pré-requis
    

      • Connaissances de base en Unix/shell, R
      • Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)
      • Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.

    Objectifs pédagogiques
    

    La formation a pour objectif  :
      • d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative
      • de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques
      • de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.
    A la fin de cette formation les participants :
      • auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative 
      • auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la formation.
      

    

    Contenu de la formation :
    

    Trois grandes catégories de méthodes seront abordées durant l’école thématique :
    1. Les méthodes d’intégration utilisant le concept de réduction de dimension seront explorées à travers la Regularized Generalized Canonical Correlation Analysis (RGCCA) et MOFA (Multi-Omics Factor Analysis). Ces approches complémentaires permettent d’identifier et de modéliser les relations entre plusieurs blocs de données (transcriptomiques, protéomiques, métabolomiques, etc.), tout en prenant en compte leur structure propre et leurs interdépendances. Les participants apprendront à utiliser  RGCCA et MOFA pour extraire des composantes latentes communes et éventuellement spécifiques, favorisant ainsi une interprétation biologique plus fine et une intégration cohérente des différentes sources de données.
    2. Les approches réseau permettront d’aborder la représentation et l’analyse de données omiques sous forme de graphes. Les participants mettront en oeuvre deux méthodes complémentaires : 
        • Similarity Network Fusion (SNF), pour construire et intégrer des réseaux d’échantillons à partir de plusieurs types de données omiques ;
        • Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA), pour inférer des réseaux de co-expression.
      Les réseaux obtenus seront ensuite explorés afin de caractériser leur structure et de dégager les principaux motifs d’association entre entités biologiques. Ces analyses permettront d’illustrer comment les approches réseau contribuent à révéler des relations et organisations communes à plusieurs niveaux omiques.
    3. Les principes et outils du Web sémantique seront présentés dans la perspective de faciliter la recherche, l’intégration et la découverte de connaissances à partir de données multi-omiques décentralisées. Deux axes principaux seront abordésles concepts fondamentaux du web sémantique et les standards appliqués à la biologie ;
          • les concepts fondamentaux du web sémantique et les standards appliqués à la biologie ;
          • l’utilisation des ontologies pour améliorer la recherche sémantique et l’intégration de données issues de différentes sources.
    Important
    
    
    Vous devrez vous munir d’un ordinateur portable.
    
    
    L'équipe pédagogique
    Planning
    
    
    L'école thématique aura lieu du dimanche 29 mars 18h au vendredi 03 avril 2026 12h30.
    L’école se déroule sur 6 jours (dimanche-vendredi) avec 9 demi-journées de formation. A noter que la dernière demi journée (vendredi après-midi) est libre pour permettre à tous de se déplacer.

    Lieu
    
    
    Site CAES CNRS Villa Clythia à Fréjus
    
    
    Frais d’inscription
    
    
    L’hébergement et la restauration sont inclus. Les frais de transport demeurent à la charge des participants.
    
    
      • Personnels académiques : 1000 € 
      • Industriels : 2000 € 
    Informations importantes 

    Contact: etbii-contact@groupes.france-bioinformatique.fr


    

    
                                                
    
                                            
    
                                        
    
                                        
    
                            
    
                                    
                            
                    
    
                
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