Aperçu des semaines
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Présentation de la formation
La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques.
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.
Cette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa deuxième édition.
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).
Public visé
Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (ingénieurs, chercheurs dans des plateformes ou équipes de recherche) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.
Pré-requis
- Connaissances de base en Unix/shell, R, Python
- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)
Objectifs pédagogiques
La formation a pour objectif :
- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative
- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques
- de faire bénéficier aux participants d'une expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre d'une analyse sur des jeux de données proposés par les participants.
A la fin de cette formation les participants :
- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative
- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique des résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation.
Contenu de la formation :
Trois grandes catégories de méthodes seront abordées durant l’école thématique :
- Les méthodes de Réduction de Dimension seront utilisées pour réduire la complexité des données tout en conservant l'information essentielle avec en particulier deux grandes catégories de méthodes :
- La Factorisation Matricielle Non Négative (NMF) : Vous apprendrez comment appliquer la NMF pour extraire des structures cachées à partir de données multi-omiques, permettant une visualisation et une interprétation plus efficaces.
- L'analyse factorielle probabiliste (Probabilistic Factor Analysis) : Vous explorerez en profondeur la méthode (MOFA) pour extraire des facteurs latents à partir de données multi-omiques, découvrant les relations cachées et les corrélations entre les différentes omiques.
- Les approches Réseaux seront présentées avec pour objectif d’identifier les profils d’association et les relations essentielles entre différents objets biologiques avec des méthodes permettant :
- d’analyser les réseaux d'interactions biologiques multi-omiques, en mettant en évidence les relations cruciales.
- d'explorer les outils pour évaluer la topologie des réseaux biologiques, identifier les nœuds clés, et comprendre leurs rôles fonctionnels, en particulier dans les réseaux multicouches.
- Les principes et outils du Web Sémantique seront présentés dans l’objectif de faciliter la recherche de données multi-omiques à travers des ressources distribuées, leur intégration et la découverte de connaissances. Deux axes seront présentés
- les principes du web sémantique et des standards en biologie
- les ontologies et leur utilisation en sciences de la vue pour améliorer les recherches sémantiques et l’intégration de données distribuées.
Vous devrez vous munir d’un ordinateur portable.
L'équipe pédagogique
- NSBD (Marseille) : Anaïs Baudot, Morgane Terezol, Marie Galadriel Brière
- Institut Pasteur (Paris) : Vincent Guillemot
- CNRGH (Évry-Courcouronnes) : Arnaud Gloaguen
- IRD (Montpellier) : Pierre Larmande
- IRISA (Rennes) : Olivier Dameron
- Bird (Nantes) : Alban Gaignard, Samuel Chaffron
- Billile (Lille) : Jimmy Vandel
- IFB : Hélène Chiapello, Olivier Sand, Lucie Khamvongsa-Charbonnier
Planning
L'école thématique aura lieu du Dimanche 24 mars 18h au vendredi 29 mars 2024 12h30 (panier repas inclus).
L’école se déroule sur 6 jours (dimanche-vendredi) avec 9 demi-journées de formation. A noter que la dernière demi journée (vendredi après-midi) est libre pour permettre à tous de se déplacer.Ce programme est provisoire et sujet à modifications. Vous pouvez le télécharger ici au format PDF.
Lieu
Site CAES CNRS Villa Clythia à Fréjus
Frais d’inscription
L’hébergement et la restauration sont inclus. Les frais de transport demeurent à la charge des participants.
- Personnels académiques : 1000 €
- Industriels : 2000 €
Contact: etbii-contact@groupes.france-bioinformatique.fr
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Forum
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L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique.
Afin de nous prémunir d'éventuelles soucis techniques ou autres nous demandons à tous les participants d'installer en local sur leurs machines les logiciels, packages suivants :
- R 4.3.1
et des packages suivant :
FactoMineR >=2.9 factoextra >=1.0.7 ggpubr >=0.6.0 corrplot >=0.92 RGCCA >=3.0.3 ggplot2 >=3.4.4 data.table >=1.14.8 DT >=0.32 psych >=2.4.1 MOFA2 >=1.12.1 r.jive >=2.4 GGally >=2.2.1 NMF >=0.27 MOFAdata >=1.18.0 SNFtool >=2.3.1 pheatmap >=1.0.12 igraph >=1.4.2 mixOmics >=6.24.0 reshape2 >=1.4.4 compositions >=2.0-4 ecodist >=2.0.9 WGCNA >=1.72.1
- Cytoscape 3.9.1
Et les modules Cytoscape suivant :stringApp 2.0.0 yFiles Layout Algorithm 1.1.2 LegendCreator 1.1.6