Aperçu des sections
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L’Institut Français de Bioinformatique organise en partenariat avec l'IDRIS et les plateformes PRABI-AMS, BIOI2, CUBIC, RPBS et Bilille une nouvelle formation intitulée: “AlphaFold et au-delà : Modélisation de la structure 3D des protéines avec des outils d’IA / AlphaFold & beyond: 3D Protein Structure Modeling with AI Tools”.
Cette formation aura lieu du mercredi 10 décembre 14h au vendredi 12 décembre 2025 à 12h dans la salle de formation de l’IDRIS à Orsay, sur le campus de l’Université de Paris-Saclay (voir plan d’accès ici).Important
La formation sera organisée autour d’un tronc commun sur la modélisation 3D de la structure d’un monomère et d’un complexe protéique, incluant d’éventuelles modifications post-traductionnelles.
Plusieurs cas d’applications sont proposés à l’inscription à la formation. Ils seront dispensés si le nombre de participants intéressés est suffisant :Use case 1 : Cribler un protéome / metaprotéome. Prédire les structures 3D d’un nouveau (meta)protéome composé de protéines inconnues et/ou non publiées
Use case 2 : Cribler des interactions protéiques . Mettre en oeuvre une analyse de type système appât/proie au sein d’un même protéome (ex: AlphaPullDown)
Use case 3 : Prédire la structure d’un complexe anticorps - antigène. Les spécificités de la prédiction et de l'interprétation de la structure 3D de paires antigène / anticorps.
- Use case 4 : Cribler des interactions de ligands chimiques avec une protéine. Cribler une banque de données de ligands sur une protéine.
Use case 5 : Échantillonnage massif des prédictions d’un complexe protéique. Générer des milliers de prédictions avec MassiveFold pour un même complexe protéique dans le but d’obtenir une prédiction de bonne qualité quand une exécution basique d’AlphaFold ne suffit pas.
Pour la première édition 2025 de cette formation, seuls les Uses cases 2 (Cribler des interactions protéiques) et 5 (Échantillonnage massif des prédictions d’un complexe protéique) seront proposés à la totalité des participants.
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A la fin de la formation les participants
sauront demander un compte et dimensionner leur demande de ressources auprès de l’IDRIS/J. Zay
auront utilisé les ressources de calcul intensif GPU de Jean Zay
auront connaissance des fonctionnalités de l’écosystème AlphaFold
auront utilisé un des outils dérivés d’AlphaFold (ex: MassiveFold) sur des données proposées par l’équipe pédagogique en suivant des bonnes pratiques informatiques (notamment dimensionnement adéquat des ressources)
auront interprété les résultats et métriques d'AlphaFold et manipulé des outils d’aide à la post-analyse : visualisation des structures (ex: ChimeraX), calcul de scores additionnels (ex: AF_analysis), caractérisation des interfaces (ex: Pisa) et annotation des repliements (ex: FoldSeek).
auront discuté des limites actuelles de ces outils et du panorama des ressources nationales disponibles ou mobilisables dans le futur sur cette thématique
Une séance d'échanges avec l'équipe pédagogique sera proposée lors de la dernière demi-journée de formation afin que les participants bénéficient s’ils le souhaitent de l’expertise de l’équipe pédagogique pour choisir et mettre en œuvre la stratégie d’analyse la plus adaptée à leur problématique.
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Public cible
Cette formation s’adresse en priorité à des bioinformaticiens ou informaticiens ayant une connaissance de base en modélisation de la structure des protéines. Le nombre de participants est limité à 15.
Pour cette première édition les candidatures des membres ou collaborateurs de plateformes et équipes IFB seront prioritaires.
Les prérequis sont les suivants :
Maîtrise de la ligne de commande Linux
Connaissances de base de l'utilisation d'un cluster de calcul
Connaissances de base en biologie structurale (fondamentaux de la structure 3D de protéines,...)
Utilisation préalable d’AlphaFold de manière basique
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Les inscriptions sont closes
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Horaires :
La formation aura lieue du mercredi 10 décembre 14h00 au vendredi 12 décembre 12h00.
Le déjeuner du jeudi 11 décembre midi sera pris sur le campus à la cantine du CNRS (chaque participant devra payer son repas).
Lieu de la formation :
Salle de formation de l'IDRIS sur le campus de l'Université Paris-Saclay, Rue John Von Neumann, Bâtiment 506, BP 167, 91403 ORSAY CEDEX
Modalités d'accès : http://www.idris.fr/info/contacts/alleridris.html
A faire avant la formation :
Les participants travailleront avec des comptes de formation et sur les postes de travail de la salle. Il est néanmoins nécessaire pour chaque participant de demander une licence d'utilisation alphafold 3 à DeepMind avant le début de la formation via le formulaire disponible ici : http://www.idris.fr/annonces/alphafold3.html
Important : merci d'utiliser vos adresses mails académiques professionnelles pour remplir ce formulaire.
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Mercredi 10 décembre 2025 14h00-14h30 Introduction, présentation des intervenants et formateurs 14h30-15h00 Présentation de l'Infrastructure Jean Zay 15h00-15h45 AlphaFold : principe et fonctionnalités 15h45-16h00 pause 16h00-16h30 Première utilisation de Jean Zay 16h30-17h00 Présentation de MassiveFold
Jeudi 11 décembre 20259h00-9h15 Warm up 9h15-11h15 Application de MassiveFold à une protéine monomère inconnue 11h15-11h30 pause 11h30-12h00 Visualisation des résultats 12h00-13h00 Application de MassiveFold à un complexe protéique (1/2) 13h00-14h15 Déjeuner 14h15-15h15 Application de MassiveFold à un complexe protéique (2/2) 15h15-15h30 pause 15h30-17h30 Use case Criblage d'interactions protéiques
Vendredi 12 décembre 2025 9h00-9h15 Warm up 9h15-10h45 Use case Echantillonnage massif 10h45-11h00 pause 11h00-11h45 Échanges avec l'équipe pédagogique : - réponses aux questions des apprenant
- limites actuelles des outils
11h45-12h00 Conclusion et questionnaire final
- réponses aux questions des apprenant
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- Hélène Chiapello, INRAE MaIAGE & IFB-core, organisatrice
- Christophe Blanchet, CNRS IFB-core & PF PRABI-AMSB, organisateur et formateur
- Philippe Hupé, Institut Curie & PF CUBIC, organisateur et formateur
- Frederic Jarlier, Institut Curie & PF CUBIC, helper
- Thibault Very, CNRS et IDRIS, organisateur, formateur et helper
- Raphael Guerois, CEA I2BC & PF BIOI2, formateur et helper
- Sylvain Marthey, INRAE MaIAGE, helper
- Chloé Quignot, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
- Baptiste Roelens, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
- Romuald Marin, CNRS IFB-core & PF PRABI-AMSB, helper
- Guillaume Brysbaert, CNRS UGSF & PF Bilille, formateur
- Nessim Raouraoua, CNRS UGSF & PF Bilille, formateur
- Samuel Murail, Université de Paris-Cité & PF RPBS, organisateur et formateur
- Thibault Tubiana, CNRS I2BC, formateur et helper