Aperçu des sections
-
Formation EBAII IFB Niveau 2 : Traitement des Données de Variants, ChIP-Seq et Bulk RNA-Seq du 1 au 6 juin 2025.
Objectifs
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (bulk RNA-seq, ChIP-seq, variants génomiques/GWAS), et abordera la visualisation et l’intégration des données. L’école vise à approfondir les concepts, à manipuler des outils informatiques avancés et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données.
Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.
Public visé
Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.
Environnement de travail
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation du langage R.
Prérequis
Les candidats doivent avoir acquis les compétences enseignées durant l’école de niveau 1, ou équivalent : un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) bulk RNA-seq, ChIP-seq ou variants génomique/genotypage.
Modalités d’inscription
Date limite de pré-inscription : 1er mars 2025 (sélection des participants : mars 2025). Chaque année la demande dépasse de loin notre capacité d’accueil (40 places), le comité d’organisation sélectionne les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.
Informations et inscriptions : https://ebaii-ngs-niveau2.pasteur.cloud/
Frais d’inscription : 1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels.
L’hébergement et la restauration sont inclus. Les frais de transport demeurent à la charge des participants.Coordination scientifique : Erwan Corre (CNRS), Matthias Zytnicki (INRAE), Rachel Legendre (Institut Pasteur), Lucie Khamvongsa-Charbonnier (IFB).
Formateurs et tuteurs : Une quinzaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, IGBMC, INRAE, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université, Université de Lille. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), de l’INSERM (Institut national de la santé et de la recherche médicale) et d’INRAe (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement).
Plateformes : IFB core (Ivry-sur-Seine), ABiMS (CNRS/Sorbonne Université, Roscoff).
Coordination administrative : Inserm, IFB, INRAe
Doctorants : Cette école délivre un certificat de présence pour 39H de formation.
Subvention: Une possibilité sera offerte aux agents INRAe et INSERM d’être subventionnés.
Numéro de déclaration de l’Inserm - organisme de formation : 11754553375
Dates à retenir
Ouverture des soumissions de candidature : 10 janvier 2025
Dernier jour pour soumettre une candidature : 1 mars 2025
Dernier jour pour éditer une candidature : 1 mars 2025
