Description de la formation
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination prioritairement des bioinformaticiens et biostatisticiens des plateformes et équipes membres ou associées de l’IFB et futurs formateurs souhaitant
- acquérir des compétences théoriques et pratiques sur les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) appliqués à un projet d’analyse et/ou de développement
- contribuer à enrichir le matériel pédagogique afin en particulier de l’adapter aux besoins des utilisateurs et communautés de sa plateforme/équipe
Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.
Objectifs pédagogiques
A la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.
Modalités
La formation s’organise en deux séquences :
Premier et deuxième jours : formation théorique et pratique aux outils de la science reproductible dans un projet de bioinformatique
- Troisième jour : atelier optionnel de travail sur le matériel pédagogique de la formation à destination de futurs formateurs
La formation aura lieu du lundi 9 octobre au mercredi 11 octobre 2023 en présentiel à Paris (Institut des Systèmes Complexes). Cependant, en fonction de l’évolution des conditions sanitaires, nous pourrons être amenés à basculer une partie ou la totalité de la formation à distance.
Adresse : Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France, 113 rue Nationale, 75013, Paris, France. Interphone : Sonner à “isc-accueil”.
Métros : Olympiades (M14) and Nationale (M6) Station Vélib : place Nationale.
Prérequis
Linux, programmation shell, notions de R et Python
Tarifs
- Académique : 250 € pour 2 jours et 375 € pour 3 jours
- Non-académique : 800 € pour 2 jours ou 1200 € pour 3 jours
Ces tarifs incluent les repas du midi (plateaux repas) et les pauses café du matin et de l'après-midi.
Inscription
- Merci de remplir le formulaire d'inscripion [Lien] avant le 31 mai 2023
- Important : le nombre de participants est limité à 15 personnes maximum . Il est possible d’assister uniquement aux deux premiers jours de la formation, merci de nous indiquer cette information dans le formulaire d’inscription.
Vous devrez vous munir de votre ordinateur portable avec installation préalable de docker pour pouvoir participer à la formation
Organisation
- IFB : Hélène Chiapello, Yoursra Mahmah
Formateurs
- IFB : Thomas Denecker, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler
- I2BC : Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche