Topic outline

  • L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en trois séquences :

    • une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB 
    • une  journée de session pratique  avec 1 atelier snakemake (v.8) et 1 atelier nextflow (DSL2) en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.
    • une demi-journée "Bring your own script".

    Objectifs pédagogiques

    A la fin de cette formation les participants : 

    • auront acquis les bases et connaîtront les fonctions avancées des gestionnaires de workflows
    • auront écrit et/ou converti un workflow d’analyse (apporté par le participant ou proposé par l’équipe pédagogique) dans le langage de leur choix (Snakemake v.8, Nextflow DSL2) 
    • auront exécuté et optimisé leur workflow sur le cluster ou le cloud mis à disposition par l’IFB

    Pré-requis

    • Maîtrise d’unix et d’un langage de ligne commande (bash ou équivalent)
    • Avoir déjà exécuté au moins une analyse avec un gestionnaire de workflow (Snakemake, Nextflow ou équivalent) sans avoir obligatoirement développé le workflow
    • Savoir travailler dans un environnement de type cluster et/ou cloud

    Modalités

    La formation aura lieu du lundi 14 octobre - 14h00 au mercredi 16 octobre 2024 - 12h30 en présentiel à Paris (Institut des Systèmes Complexes). 

    Adresse : Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France, 113 rue Nationale, 75013, Paris, France. Interphone : Sonner à  “isc-accueil”.

    Métros : Olympiades (M14) et Nationale (M6) Station Vélib : place Nationale.

    Les participants devront se munir de leur ordinateur portable

    Inscriptions closes.

    Tarifs

    • Académique : 250 € 
    • Non-académique : 1000 € 

    Ces tarifs incluent le repas du midi du jour 2 (plateaux repas) et les pauses café du matin et de l'après-midi

    Equipe pédagogique

    • Sébastien RAVEL CIRAD - PHIM - South Green
    • Cédric Midoux MaIAGE - INRAE
    • Salomé Brunon GenomiqueENS - IBENS
    • Julien Roméjon Institut Curie
    • Frédéric Jarlier Institut Curie
    • Philippe Hupé Institut Curie
    • Emilie Drouineau I2BC / CEA / Paris-Saclay
    • Chloé Quignot BIOI2 - I2BC / CEA / Paris-Saclay
    • Pauline Lasserre-Zuber GDEC - UMR INRAE/UCA

    Equipe organisatrice

    • IFB: H. Chiapello, L. Jourdren, L. Khamvongsa-Charbonnier
    • iPOP-UP représenté par l'unité Epigénétique et Destin Cellulaire: M. Hennion
    Mail contact : wf4bioinfo-contact@groupes.france-bioinformatique.fr