Aperçu des sections

  • Généralités

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    L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en trois séquences :

    • une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB 
    • une  journée de session pratique  avec 1 atelier snakemake (v.8) et 1 atelier nextflow (DSL2) en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.
    • une demi-journée "Bring your own script".

    Objectifs pédagogiques

    A la fin de cette formation les participants : 

    • auront acquis les bases et connaîtront les fonctions avancées des gestionnaires de workflows
    • auront écrit et/ou converti un workflow d’analyse (apporté par le participant ou proposé par l’équipe pédagogique) dans le langage de leur choix (Snakemake v.8, Nextflow DSL2) 
    • auront exécuté et optimisé leur workflow sur le cluster ou le cloud mis à disposition par l’IFB

    Pré-requis

    • Maîtrise d’unix et d’un langage de ligne commande (bash ou équivalent)
    • Avoir déjà exécuté au moins une analyse avec un gestionnaire de workflow (Snakemake, Nextflow ou équivalent) sans avoir obligatoirement développé le workflow
    • Savoir travailler dans un environnement de type cluster et/ou cloud

    Modalités

    La formation aura lieu du lundi 14 octobre - 13h00 au mercredi 16 octobre 2024 - 12h30 en présentiel à Paris (CNRS Délégation Villejuif). 

    Adresse : CNRS Délégation Ile-de-France Villejuif, 7 Rue Guy Môquet, 94800 Villejuif.

    Métros : Villejuif Paul Vaillant-Couturier (M7).

    Les participants devront se munir de leur ordinateur portable. 

    Inscriptions closes.

    Tarifs

    • Académique : 250 € 
    • Non-académique : 1000 € 

    Ces tarifs incluent le repas du midi du jour 2 (plateaux repas) et les pauses café du matin et de l'après-midi

    Equipe pédagogique

    • Sébastien RAVEL CIRAD - PHIM - South Green
    • Cédric Midoux MaIAGE - INRAE
    • Salomé Brunon GenomiqueENS - IBENS
    • Julien Roméjon Institut Curie
    • Frédéric Jarlier Institut Curie
    • Philippe Hupé Institut Curie
    • Chloé Quignot BIOI2 - I2BC / CEA / Paris-Saclay
    • Pauline Lasserre-Zuber GDEC - UMR INRAE/UCA

    Equipe organisatrice

    • IFB: H. Chiapello, L. Jourdren, L. Khamvongsa-Charbonnier
    • iPOP-UP représenté par l'unité Epigénétique et Destin Cellulaire: M. Hennion
    Mail contact : wf4bioinfo-contact@groupes.france-bioinformatique.fr 


  • Programme


    Lundi 14 octobre 2024 - Bat L salle de conférence
    13h30-14h00 Introduction, présentation des intervenants et formateurs
    14h00-15h30 Présentation de l'IFB
    Présentation des bonnes pratiques en bioinformatique
    Présentation des containers
    15h30-16h00 pause
    16h00-17h30 Les clusters de calculs et schedulers
    Accéder au cluster IFB (Open OnDemand, slurm)


    Mardi 15 octobre 2024 - Bat B (2ème étage NF et 3ème étage Smk)
    9h00-10h30 Présentation des gestionnaires de workflows SnakeMake et Nextflow
    10h30-11h00 pause
    11h00-12h30 Ateliers en parallèle sur des workflows fournis par l'équipe pédagogique
    Atelier 1 : Snakemake
    Atelier 2 : Nextflow
    12h30-14h00 Déjeuner
    14h00-15h30  Ateliers en parallèle sur des workflows fournis par l'équipe pédagogique
    Atelier 1 : Snakemake
    Atelier 2 : Nextflow
    15h30-16h00  pause
    16h00-16h45 En pleinière : bilan des ateliers et comparaison des langages SnakeMake et NextFlow
    16h45-17h30 Présentation flash des scripts des participants pour atelliers du mercredi



    Mercredi 16 octobre 2024 - bat B salles E04 et E05 (sous-sol)
    9h00-9h15 Mise en place des ateliers et sous-groupes
    9h15-10h30 Travail en sous-groupes sur les workflows d'analyse des participants
    10h30-11h00 pause
    11h00-12h15 Travail en sous-groupes sur les workflows d'analyse des participants
    12h15-12h30 Bilan flash par sous-groupes du travail
    12h30 Questionnaire final 


  • Lundi 14 octobre

    • We will begin with a presentation of the Institut Français de Bioinformatique (IFB) and the resources available to the community. We will then move on to a reminder of best practices for adhering to the FAIR principles and explore how the use of workflow languages and controlled environments aligns with this approach

    • Introduction to IFB core cluster.

      We'll begin with an introduction to the cluster and the Open OnDemand graphical interface, getting hands-on experience with it. Following that, we'll cover an introduction to the Slurm scheduler, including a practical session to familiarize ourselves with the most commonly used commands.

  • Mardi 15 octobre

  • Atelier Nextflow

  • Atelier Snakemake

  • Mercredi 16 octobre