Résumé de section

►A faire avant la formation

  • Description de la formation

    L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination prioritairement des bioinformaticiens et biostatisticiens des plateformes et équipes membres ou associées de l’IFB et futurs formateurs souhaitant

    • acquérir des compétences théoriques et pratiques sur les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) appliqués à un projet d’analyse et/ou de développement 
    • contribuer à enrichir le matériel pédagogique afin en particulier de l’adapter aux besoins des utilisateurs et communautés de sa plateforme/équipe

     Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.

    Objectifs pédagogiques

    A la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.

    Modalités

    La formation s’organise en deux séquences :

    • Premier et deuxième jours : formation théorique et pratique aux outils de la science reproductible dans un projet de bioinformatique

    • Troisième jour : atelier optionnel de travail sur le matériel pédagogique de la formation à destination de futurs formateurs 

    La formation aura lieu du lundi 9 octobre au mercredi 11 octobre 2023  en présentiel à Paris (Institut des Systèmes Complexes). Cependant, en fonction de l’évolution des conditions sanitaires, nous pourrons être amenés à basculer une partie ou la totalité de la formation à distance.

    Adresse : Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France, 113 rue Nationale, 75013, Paris, France. Interphone : Sonner à  “isc-accueil”.

    Métros : Olympiades (M14) and Nationale (M6) Station Vélib : place Nationale.

    Prérequis

    Linux, programmation shell, notions de R

    Tarifs

    • Académique : 250 € pour 2 jours et 375 € pour 3 jours
    • Non-académique : 1000 € pour 2 jours ou 1500 € pour 3 jours

    Ces tarifs incluent les repas du midi (plateaux repas) et les pauses café du matin et de l'après-midi

    Vous devrez vous munir de votre ordinateur portable avec installation préalable de docker pour pouvoir participer à la formation

    Equipe pédagogique

    • IFB : Thomas Denecker, Hélène Chiapello, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler, Lucie Khamongsa-Charbonnier (helper) 
    • I2BC : Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche, Emilie Drouineau (helper)


►A faire avant la formation