Topic outline
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Présentation de la formationA la demande du laboratoire d'Ecologie Microbienne de Lyon, l'équipe Formation de l'IFB organise une session de formation de deux jours sous Galaxy pour l'analyse de données de métagénomique et métatranscriptomique.Objectifs pédagogiques
A la fin de cette formation, les participants auront
- acquis des connaissances théoriques et pratiques sur les méthodes et objectifs d'une analyse en métagénomique et métatranscriptomique
- réalisé une analyse de données de données métataxonomique, métagénomique shotgun et métatranscriptomique sous l'environnement Galaxy et sur des données fournies par l'équipe pédagogique
- choisi et initié une analyse sur un jeu de données de leur choix en bénéficiant de l'encadrement de l'équipe pédagogique (Bring Your Own Data sessions)
Cette formation est organisée par l'équipe formation de l'IFB et se déroulera à l’Université Claude Bernard-Lyon 1 - salle de réunion du 5ème étage du bâtiment MENDEL : 16 rue Raphaël DUBOIS, 69100 Villeurbanne.Dates : du 17 juin 2025 à 9h00 au 18 juin 2025 à 16h.Langue : cette formation sera en français. -
Equipe pédagogique IFB
INRAE : Olivier Rué, Hélène Chiapello
CNRS : Bérénice Batut
Université Claude Bernard-Lyon 1 : Christine Oger
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Chaque participant doit venir équiper d'un ordinateur portable.
Il devra également
(i) se créer un compte sur Galaxy Franc https://usegalaxy.fr en utilisant son adresse mail académique
(ii) suivre avant le début de la formation le tutoriel dédié à l’utilisation de Galaxy “A short introduction to Galaxy”, voir https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/tutorial.html -
17 juin 2025: Metagenomics Horaires Titre Supports 9:00-12:00 Introduction
Microbiome taxonomic profilingIntroduction
GTN-taxonomic-profiling12:00-13:30 lunch 13:30-14:00 Questions and discussion 14:00-16:00 Microbiome metagenomics data GTN-Metagenomics assembly 16:00-17:00 Bring your Own data - session 1
18 juin 2025: Metatranscriptomics Horaires Titre Supports 9:00-12:00 Microbiome metatranscriptomics data GTN-metatranscriptomics 12:00-13:00 lunch 13:15-15:30 Bring your Own data - session 2 15:30-15:45 Evaluation form Questionnaire 15:45-16:00 Conclusion Liens utiles
- Workflow Hub https://workflowhub.eu/
- Intergalactic Workflow Commission https://workflowhub.eu/workflows?filter%5Bproject%5D=33
- Workflow Hub https://workflowhub.eu/