Aperçu des sections

  • Généralités

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  • Présentation de la formation

    Présentation de la formation
    A la demande du laboratoire d'Ecologie Microbienne de Lyon, l'équipe Formation de l'IFB organise une session de formation de deux jours sous Galaxy pour l'analyse de données de métagénomique et métatranscriptomique.

    Objectifs pédagogiques

    A la fin de cette formation, les participants auront 

    - acquis des connaissances théoriques et pratiques sur les méthodes et objectifs d'une analyse en métagénomique et métatranscriptomique

     - réalisé une analyse de données de données métataxonomique, métagénomique shotgun et métatranscriptomique sous l'environnement Galaxy et sur des données fournies par l'équipe pédagogique

    - choisi et initié une analyse sur un jeu de données de leur choix en bénéficiant de l'encadrement de l'équipe pédagogique (Bring Your Own Data sessions)


    Cette formation est organisée par l'équipe formation de l'IFB et se déroulera à l’Université Claude Bernard-Lyon 1 - salle de réunion du 5ème étage du bâtiment MENDEL : 16 rue Raphaël DUBOIS, 69100 Villeurbanne.

    Dates : du 17 juin 2025 à 9h00 au 18 juin 2025 à 16h.

    Langue : cette formation sera en français.

  • Equipe pédagogique

    Equipe pédagogique IFB

    INRAE : Olivier Rué, Hélène Chiapello

    CNRS : Bérénice Batut

    Université Claude Bernard-Lyon 1  : Christine Oger


  • Prérequis

    Chaque participant doit venir équiper d'un ordinateur portable.

    Il devra également 

    (i) se créer un compte sur Galaxy Franc  https://usegalaxy.fr en utilisant son adresse mail académique

    (ii) suivre avant le début de la formation le tutoriel dédié à l’utilisation de Galaxy “A short introduction to Galaxy”, voir https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/tutorial.html 

  • Programme et supports

    Marqué


    17 juin 2025: Metagenomics
    Horaires Titre Supports
    9:00-12:00
    		 Introduction
    Microbiome taxonomic profiling    		 Introduction
    GTN-taxonomic-profiling
    12:00-13:30 lunch
    13:30-14:00 Questions and discussion
    14:00-16:00 Microbiome metagenomics data GTN-Metagenomics assembly
    16:00-17:00 Bring your Own data - session 1



    18 juin 2025: Metatranscriptomics
    Horaires Titre Supports
    9:00-12:00
    		 Microbiome metatranscriptomics data GTN-metatranscriptomics
    12:00-13:00 lunch
    13:15-15:30 Bring your Own data - session 2
    15:30-15:45 Evaluation form Questionnaire
    15:45-16:00 Conclusion


    Liens utiles