Topic outline
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Utilisation des IA génératives comme appui à la programmation et au scripting pour la biologie
Ce site contient le matériel de support des ateliers pratiques organisés dans le cadre du colloque "Utilisation des IA génératives comme appui à la programmation et au scripting pour la biologie".
Date et localisation
Le 13 juin 2025, sur le campus des Grands Moulins, 75013 Paris.
Sessions du matin — Amphithéâtre A1 - Hall aux Farines, campus des Grands Moulins, 5, rue Thomas Mann, 75013 Paris
Ateliers pratiques — Salles d'informatique 273 + 281 +289 - Lamarck B, 35 rue Hélène Brion, 75013 Paris
Motivation
L’intelligence artificielle générative s’intègre de plus en plus aux pratiques de programmation scientifique, en particulier en bioinformatique. Ce colloque vise à rassembler des expériences, des outils et des perspectives sur l’utilisation de l’IA générative (telle que ChatGPT, Copilot, Devin, etc.) pour le développement de scripts et de logiciels pour la biologie.
La matinée sera consacrée à des présentations introductives et une table ronde où développeurs, chercheurs, enseignants et formateurs partageront leurs retours d’expérience concrets (prompting, code généré, réussites et limites).
L’après-midi sera dédiée à des ateliers pratiques encadrés, permettant aux participants de tester collectivement la pertinence et les limites des IA génératives pour les assister dans divers cas d’usage scientifique (chargement de données, parsing, analyse de séquences, visualisation…), en R ou en Python.
Programme
Début Fin Titre Intervenants 08:30 09:00 Accueil des participants 09:00 11:30 Session 1 – Introduction et enjeux de l’utilisation des IA génératives dans les pratiques bioinformatiques 09:00 09:30 Outils IA pour le scripting et le codage : évolution et perspectives David Janiszek 09:30 10:00 Utilisation de grands modèles de langage génomique Guillaume Gautreau 10:00 10:30 Utilisation d’IA générative dans un processus pédagogique Pierre Poulain 10:30 11:00 Pause café 11:00 11:30 Utilisation de Copilot pour le développement logiciel : principe, intérêt et limitations, cas d'étude Nicolas Sabouret 11:30 12:30 Session 2 – Retours d'expérience 11:30 11:40 Adaptation pédagogique d’un pipeline RNAseq par Devin Sandrine Caburet 11:40 11:50 Présentation de Pléïade David Janiszek 11:50 12:00 Accélérer sans déraper : maîtriser son code à l’ère de l’IA Vincent Rawnez 12:00 12:30 Table-ronde et interactions avec la salle 12:30 14:00 Déjeuner (buffet) 14:00 17:30 Session 3 – Ateliers pratiques 14:00 15:30 Sessions pratiques par groupe Imane Messak, Baptiste Rousseau, Thomas Denecker, Pierre Poulain, Gaëlle Lelandais, Vincent Ranwez, Fanny Casse, Jacques van Helden15:30 16:00 Pause café 16:00 17:00 Sessions pratiques par groupe 17:00 17:30 Conclusions de la journée et prochaines activités 17:30 Fin de l'évènement Organisation
Le colloque est organisé et financé par les trois organisations suivantes :
- Institut Français de Bioinformatique (IFB)
- Université Paris Cité (plateforme iPOP-UP et DU omiques)
- Réseau métier en bioinformatique (MERIT)
L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) a été fondé par les Programme d'Investissements d'Avenir subventionné par l'Agence Nationale de la Recherche (RENABI-IFB, ANR-11-INBS-0013) et par le programme France 2030 relatifs aux équipements structurants pour la recherche / EQUIPEX+ (MUDIS4LS, ANR-21-ESRE-0048).
Comité scientifique et de programmation
- Bertrand Cosson (Université Paris-Cité)
- Jacques van Helden (Institut Français de Bioinformatique)
- Vincent Lefort (réseau MERIT)
- Imane Messak (Institut Français de Bioinformatique)
Encadrants
Atelier scripting pour la bioanalyse
- Jacques van Helden (Institut Français de Bioinformatique)
- Vincent Ranwez (Université de Montpellier)
- Fanny Casse (Université Paris-Cité)
- Gaëlle Lelandais (Université Paris-Sud)
- Pierre Poulain (Université Paris-Cité)
Atelier développement logiciel
- Imane Messak (Institut Français de Bioinformatique)
- Thomas Denecker (Institut Français de Bioinformatique)
- Baptiste Rousseau (Institut Français de Bioinformatique)
Ressources informatiques
Ressource URL Programme et inscriptions https://iabioscripting.sciencesconf.org/ Site Web de l'atelier pratique "Développement logiciel" https://ifb-elixirfr.github.io/IA-BioSoftware-Atelier/ Code et données de l'atelier pratique "Développement logiciel" https://github.com/IFB-ElixirFr/IA-BioSoftware-Atelier/ Plateforme logicielle Pléiade utilisée pour l'atelier pratique https://pleiade.mi.parisdescartes.fr/ Cluster IFB-core : interface OnDemand https://ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr/ Cluster IFB-core : demande de compte ou d'espace-projet (pas nécessaire pour l'atelier, utile uniquement si vous désirez continuer à utiliser le cluster après la formation) https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/ -