Résumé de section

  • Généralités

    Tout replier Tout déplier

    L’Institut Français de Bioinformatique organise en partenariat avec l'IDRIS et les plateformes PRABI-AMS, BIOI2, CUBIC, RPBS et Bilille une 2ème édition de la formation intitulée: “AlphaFold et au-delà : Modélisation de la structure 3D des protéines avec des outils d’IA / AlphaFold & beyond: 3D Protein Structure Modeling with AI Tools”.

    Cette formation aura lieu du mercredi 20 janvier à 14h au vendredi 22 janvier 2027 à 12h dans la salle de formation de l’IDRIS à Orsay, sur le campus de l’Université de  Paris-Saclay (voir plan d’accès ici).

    Important

    La formation sera organisée autour d’un tronc commun sur la modélisation 3D de la structure d’un monomère et d’un complexe protéique, incluant d’éventuelles modifications post-traductionnelles.

     Plusieurs cas d’applications sont proposés à l’inscription à la formation. Ils seront dispensés si le nombre de participants intéressés est suffisant : 

    • Use case 1 : Cribler des interactions protéiques . Mettre en oeuvre une analyse de type système appât/proie au sein d’un même protéome (ex: AlphaPullDown)

    • Use case 2 : Cribler des interactions de ligands chimiques avec une protéine. Cribler une banque de données de ligands sur une protéine.

    • Use case 3 : Échantillonnage massif des prédictions d’un complexe protéique. Générer des milliers de prédictions avec MassiveFold pour un même complexe protéique dans le but d’obtenir une prédiction de bonne qualité quand une exécution basique d’AlphaFold ne suffit pas.

  • Objectifs pédagogiques

    A la fin de la formation les participants 

    • sauront demander un compte et dimensionner leur demande de ressources auprès de l’IDRIS/J. Zay 

    • auront utilisé les ressources de calcul intensif GPU de Jean Zay 

    • auront connaissance des fonctionnalités de l’écosystème  AlphaFold

    • auront utilisé un des outils dérivés d’AlphaFold (ex: MassiveFold) sur des données proposées par l’équipe pédagogique en suivant des bonnes pratiques informatiques (notamment dimensionnement adéquat des ressources) 

    • auront interprété les résultats et métriques d'AlphaFold et manipulé des outils d’aide à la post-analyse : visualisation des structures (ex: ChimeraX), calcul de scores additionnels (ex: AF_analysis), caractérisation des interfaces (ex: Pisa) et annotation des repliements (ex: FoldSeek).

    • auront discuté des limites actuelles de ces outils et du panorama des ressources nationales disponibles ou mobilisables dans le futur sur cette thématique

    Une séance d'échanges avec l'équipe pédagogique sera proposée lors de la dernière demi-journée de formation afin que les participants bénéficient s’ils le souhaitent de l’expertise de l’équipe pédagogique pour choisir et mettre en œuvre la stratégie d’analyse la plus adaptée à leur problématique.


  • Public cible

    Public cible

    Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes, des bioinformaticiens ou informaticiens ayant une connaissance de base en modélisation de la biologie structurale des protéines et une expérience d'un environnement Linux/cluster de calcul. Le nombre de participants est limité à 15.

    Les prérequis sont les suivants :

    • Maîtrise de la ligne de commande Linux

    • Connaissances de base de l'utilisation d'un cluster de calcul 

    • Connaissances de base en biologie structurale (fondamentaux de la structure 3D de protéines,...)

    • Utilisation préalable d’AlphaFold de manière basique

  • Modalités d'inscription

    Les frais d'inscription s'élèvent à: 

    • 300 €  pour les académiques
    • 1000 € pour les non-académiques

    Ces tarifs incluent le repas du midi du 2ème jour (plateaux repas) et les pauses du matin et de l'après-midi

    Les pré-inscriptions sont ouvertes jusqu'au 4 septembre 2026 inclus.

    Merci de remplir le formulaire Pré-inscription_Alphafold2027

  • Informations pratiques

    Horaires : 

    La formation aura lieue du mercredi 10 décembre 14h00 au vendredi 12 décembre 12h00.

    Le déjeuner du jeudi 11 décembre midi sera pris sur le campus à la cantine du CNRS (chaque participant devra payer son repas). 

    Lieu de la formation :

    Salle de formation de l'IDRIS sur le campus de l'Université Paris-Saclay, Rue John Von Neumann, Bâtiment 506, BP 167, 91403 ORSAY CEDEX

    Modalités d'accès : http://www.idris.fr/info/contacts/alleridris.html 

    A faire avant la formation : 

    Les participants travailleront avec des comptes de formation et sur les postes de travail de la salle. Il est néanmoins nécessaire pour chaque participant de demander une licence d'utilisation alphafold 3 à DeepMind avant le début de la formation via le formulaire disponible ici : http://www.idris.fr/annonces/alphafold3.html

    Important : merci d'utiliser vos adresses mails académiques professionnelles pour remplir ce formulaire.

  • Programme

    Mercredi 10 décembre 2025 
    14h00-14h30 Introduction, présentation des intervenants et participants H. Chiapello
    C. Blanchet
    14h30-15h00 Présentation de l'Infrastructure Jean Zay
    		 T. Very
    15h00-15h45 AlphaFold : principe et fonctionnalités
    Les scores AF    		 S. Murail
    T. Tubiana
    15h45-16h00 pause  
    16h00-16h30 Première utilisation de Jean Zay T. Very
    16h30-17h00 Présentation de MassiveFold G. Brysbaert


    Jeudi 11 décembre 2025

    9h00-9h15 Warm up  
    9h15-11h15 Application de MassiveFold à une protéine monomère inconnue
    		 G. Brysbaert
    N. Raouraoua
    11h15-11h30 pause  
    11h30-12h00 Visualisation des résultats avec ChimeraX T. Tubiana
    C. Quignot
    12h00-13h00 Application de MassiveFold à un complexe protéique (1/2) G. Brysbaert
    N. Raouraoua
    13h00-14h15 Déjeuner  
    14h15-15h15  Application de MassiveFold à un complexe protéique (2/2) S. Murail
    15h15-15h30  pause  
    15h30-17h30 Use case 1 Criblage d'interactions protéiques ou Use case 2 Cribler des interactions de ligands chimiques avec une protéine ou Use case 3 Échantillonnage massif des prédictions d’un complexe protéique C. Quignot
    R. Guerois

    Vendredi 12 décembre 2025
    9h00-9h15 Warm up  
    9h15-10h45 Use case 1 Criblage d'interactions protéique ou Use case 2 Cribler des interactions de ligands chimiques avec une protéine ou Use case 3 Échantillonnage massif des prédictions d’un complexe protéique G. Brysbaert
    N. Raouraoua
    10h45-11h00 pause  
    11h00-11h45 Échanges avec l'équipe pédagogique :
    • réponses aux questions des apprenants
    • limites actuelles des outils 
    		  
    11h45-12h00 Conclusion et questionnaire final  

  • Equipe pédagogique

    • Hélène Chiapello, INRAE MaIAGE & IFB-core, organisatrice
    • Christophe Blanchet, CNRS IFB-core & PF PRABI-AMSB,  organisateur et formateur
    • Philippe Hupé, Institut Curie & PF CUBIC, organisateur et formateur
    • Frederic Jarlier, Institut Curie & PF CUBIC, helper
    • Thibault Very, CNRS et IDRIS, organisateur, formateur et helper
    • Raphael Guerois, CEA I2BC & PF BIOI2, formateur et helper
    • Sylvain Marthey, INRAE MaIAGE, helper
    • Chloé Quignot, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
    • Baptiste Roelens, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
    • Romuald Marin, CNRS IFB-core & PF PRABI-AMSB, helper
    • Guillaume Brysbaert, CNRS UGSF & PF Bilille, formateur
    • Nessim Raouraoua, CNRS UGSF & PF Bilille, formateur
    • Samuel Murail, Université de Paris-Cité & PF RPBS, organisateur et formateur
    • Thibault Tubiana, CNRS I2BC, formateur et helper
    • Quentin Duvert, CNRS, IFB & Institut Curie, helper