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    L’Institut Français de Bioinformatique organise en partenariat avec l'IDRIS et les plateformes PRABI-AMSB, BIOI2, CUBIC, RPBS et Bilille une 2ème édition de la formation intitulée: “AlphaFold et au-delà : Modélisation de la structure 3D des protéines avec des outils d’IA / AlphaFold & beyond: 3D Protein Structure Modeling with AI Tools”.

    Cette formation aura lieue du mercredi 20 janvier à 14h au vendredi 22 janvier 2027 à 12h dans la salle de formation de l’IDRIS à Orsay, sur le campus de l’Université de  Paris-Saclay (voir plan d’accès et hébergements à proximité ici).

    Important

    La formation sera organisée autour d’un tronc commun sur la modélisation 3D de la structure d’un monomère et d’un complexe protéique, incluant d’éventuelles modifications post-traductionnelles.

     Plusieurs cas d’applications sont proposés à l’inscription à la formation. Ils seront dispensés si le nombre de participants intéressés est suffisant : 

    • Use case 1 : Cribler des interactions protéiques . Mettre en oeuvre une analyse de type système appât/proie au sein d’un même protéome (ex: AlphaPullDown)

    • Use case 2 : Cribler des interactions de ligands chimiques avec une protéine. Cribler une banque de données de ligands sur une protéine.

    • Use case 3 : Échantillonnage massif des prédictions d’un complexe protéique. Générer des milliers de prédictions avec MassiveFold pour un même complexe protéique (dont anticorps-antigène) dans le but d’obtenir une prédiction de bonne qualité quand une exécution basique d’AlphaFold ne suffit pas.

  • Objectifs pédagogiques

    A la fin de la formation les participants 

    • sauront demander un compte et dimensionner leur demande de ressources auprès de l’IDRIS/Jean Zay 

    • auront utilisé les ressources de calcul intensif GPU de Jean Zay 

    • auront connaissance des fonctionnalités de l’écosystème  AlphaFold

    • auront utilisé un des outils dérivés d’AlphaFold (ex: MassiveFold) sur des données proposées par l’équipe pédagogique en suivant des bonnes pratiques informatiques (notamment dimensionnement adéquat des ressources) 

    • auront interprété les résultats et métriques d'AlphaFold et manipulé des outils d’aide à la post-analyse : visualisation des structures (ex: ChimeraX), calcul de scores additionnels (ex: AF_analysis) et annotation des repliements (ex: FoldSeek).

    • auront discuté des limites actuelles de ces outils et du panorama des ressources nationales disponibles ou mobilisables dans le futur sur cette thématique

    Une séance d'échanges avec l'équipe pédagogique sera proposée lors de la dernière demi-journée de formation afin que les participants bénéficient s’ils le souhaitent de l’expertise de l’équipe pédagogique pour choisir et mettre en œuvre la stratégie d’analyse la plus adaptée à leur problématique.

  • Public cible

    Public cible

    Cette formation s’adresse en priorité à des biologistes, des bioinformaticiens ou informaticiens ayant une connaissance de base en bioinformatique structurale et une expérience d'un environnement Linux/cluster de calcul. Le nombre de participants est limité à 15.

    Les prérequis sont les suivants :

    • Maîtrise de la ligne de commande Linux

    • Connaissances de base de l'utilisation d'un cluster de calcul 

    • Connaissance de base de Python/Jupyter

    • Connaissances de base en biologie structurale (fondamentaux de la structure 3D de protéines,...)

    • Utilisation préalable d’AlphaFold de manière basique

  • Modalités d'inscription

    Les frais d'inscription s'élèvent à: 

    • 300 €  pour les académiques
    • 1000 € pour les non-académiques

    Ces tarifs incluent le repas du midi du 2ème jour (plateaux repas) et les pauses du matin et de l'après-midi

    Les pré-inscriptions sont ouvertes jusqu'au 4 septembre 2026 inclus.

    Les pré-inscriptions sont terminées. 

  • Informations pratiques

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    Horaires : 

    La formation aura lieue du mercredi 10 décembre 14h00 au vendredi 12 décembre 12h00.

    Le déjeuner du jeudi 11 décembre midi est inclu dans la formation (plateaux-repas).

    Lieu de la formation :

    Salle de formation de l'IDRIS sur le campus de l'Université Paris-Saclay, Rue John Von Neumann, Bâtiment 506, BP 167, 91403 ORSAY CEDEX

    Modalités d'accès et hébergement à proximité:  LienAccesIDRIS 

    A faire avant la formation : 

    Les participants travailleront avec des comptes de formation et sur les postes de travail de la salle. Il est néanmoins nécessaire pour chaque participant de demander une licence d'utilisation alphafold 3 à DeepMind avant le début de la formation via le formulaire disponible ici : Alphafold3_form

    Important : merci d'utiliser vos adresses mails académiques professionnelles pour remplir ce formulaire.

  • Equipe pédagogique

    • Hélène Chiapello, INRAE MaIAGE & IFB-core, organisatrice
    • Christophe Blanchet, CNRS IFB-core & PF PRABI-AMSB,  organisateur et formateur
    • Philippe Hupé, Institut Curie & PF CUBIC, organisateur et formateur
    • Frederic Jarlier, Institut Curie & PF CUBIC, helper
    • Thibault Very, CNRS et IDRIS, organisateur, formateur et helper
    • Raphael Guerois, CEA I2BC & PF BIOI2, formateur et helper
    • Sylvain Marthey, INRAE MaIAGE, helper
    • Chloé Quignot, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
    • Baptiste Roelens, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
    • Guillaume Brysbaert, CNRS UGSF & PF Bilille, formateur
    • Nessim Raouraoua, CNRS UGSF & PF Bilille, formateur
    • Thomas Binet, CNRS UGSF & PF Bilille, helper
    • Samuel Murail, Université de Paris-Cité & PF RPBS, organisateur et formateur
    • Thibault Tubiana, CNRS I2BC, formateur et helper
    • Quentin Duvert, CNRS, IFB & Institut Curie, helper