Programme et liens vers supports

Contenu

Horaires

Intervenant

Support de cours

Lundi 9 octobre (accueil à partir de 9h)

Présentation de la formation - Retour sur le webinaire 

9:30-10:30

Hélène & Claire

Usecase 1 -  e-labbook

Intro au usecase

10:30-10:45

Thomas

Organiser son projet

10:45-11:15

Hélène & Thomas

Notebooks

11:15-12:15

Thomas

Pause déjeuner 

Versionning de code (Git) 

13:15-13:45 

Claire

TP Git

13:45-14:45

Claire

git.ipynb

Usecase 2 - Développement (en local, collaborer) 

Intro au usecase

15:15-15:30 

Claire

Premiers pas vers un environnement contrôlé : Conda

15:30-16:00 

Claire

16:00-17:30

Mardi 10 octobre

Distribuer son code et l’environnement (Docker, Singularity)

9:30-11:30

Céline

Usecase 3 - cluster 

Intro au usecase

11:45-12:00

Gildas, Julien

Cluster de calcul de l’IFB (Jupyterlab, slurm) partie 1

12:00-12:45

Julien, Gildas

Pause déjeuner

Cluster de calcul de l’IFB (Jupyterlab, slurm) partie 2

13h45-14:30

Julien, Gildas

Workflow (Snakemake)

14:30-15:45

Claire

TP Snakemake (Singularity)

Julien, Gildas

Conclusion - questionnaires évaluation

Claire, Céline

Mercredi 11 octobre

Bilan des évaluations des participants et discussions sur les points d'amélioration

9:30-10:30

Témoignages et retour d'expériences d'éditions régionales ou de réutilisation de FAIR bioinfo

10:45-12:30

Pause déjeuner

Les principes FAIR appliqués au matériel pédagogique

13:30:14:00

Travail en sous-groupes sur le matériel de cours (diapos, exercices)

14:00:15:30

Conclusion et perspectives

15:30-16:00