Description de la formation

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d’analyse et de développement. Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.

Objectifs pédagogiques

A la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.

La formation organisée en deux temps

La formartion s’organise en deux temps :

• Premier et deuxième jours : formation théorique et pratique aux outils de la science reproductible dans un projet bioinformatique
• Troisième jour : atelier optionnel de travail sur le matériel pédagogique de la formation à destination de futurs formateurs

Prérequis

Linux, programmation shell, notions de R et Python

Tarifs

• Académique : 200 € pour 2 jours et 300 € pour 3 jours
• Non-académique : 800 € pour 2 jours ou 1200 € pour 3 jours

Important

Le nombre de participants est limité à 15 personnes maximum . Il est possible d’assister uniquement aux deux premiers jours de la formation, merci de nous indiquer cette information dans le formulaire d’inscription.

Vous devrez vous munir de votre ordinateur portable avec installation préalable de docker pour pouvoir participer à la formation

Organisateurs

• IFB : Hélène Chiapello, Thomas Denecker, Gildas Le Corguillé, Paulette Lieby, Yoursra Mahmah, Julien Seiler
• I2BC : Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche