Section outline
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A la fin de la formation les participants
sauront demander un compte et dimensionner leur demande de ressources auprès de l’IDRIS/J. Zay
auront utilisé les ressources de calcul intensif GPU de Jean Zay
auront connaissance des fonctionnalités de l’écosystème AlphaFold
auront utilisé un des outils dérivés d’AlphaFold (ex: MassiveFold) sur des données proposées par l’équipe pédagogique en suivant des bonnes pratiques informatiques (notamment dimensionnement adéquat des ressources)
auront interprété les résultats et métriques d'AlphaFold et manipulé des outils d’aide à la post-analyse : visualisation des structures (ex: ChimeraX), calcul de scores additionnels (ex: AF_analysis), caractérisation des interfaces (ex: Pisa) et annotation des repliements (ex: FoldSeek).
auront discuté des limites actuelles de ces outils et du panorama des ressources nationales disponibles ou mobilisables dans le futur sur cette thématique
Une séance d'échanges avec l'équipe pédagogique sera proposée lors de la dernière demi-journée de formation afin que les participants bénéficient s’ils le souhaitent de l’expertise de l’équipe pédagogique pour choisir et mettre en œuvre la stratégie d’analyse la plus adaptée à leur problématique.