Aperçu des sections

  • Généralités

    Tout replier Tout déplier

    L’Institut Français de Bioinformatique organise en partenariat avec l'IDRIS et les plateformes PRABI-AMS, BIOI2, CUBIC, RPBS et Bilille une nouvelle formation intitulée: “AlphaFold et au-delà : Modélisation de la structure 3D des protéines avec des outils d’IA / AlphaFold & beyond: 3D Protein Structure Modeling with AI Tools”.

    Cette formation aura lieu du mercredi 10 décembre 14h  au vendredi 12 décembre 2025 à 12h dans la salle de formation de l’IDRIS à Orsay, sur le campus de l’Université de  Paris-Saclay (voir plan d’accès ici).

    Important

    La formation sera organisée autour d’un tronc commun sur la modélisation 3D de la structure d’un monomère et d’un complexe protéique, incluant d’éventuelles modifications post-traductionnelles.

     Plusieurs cas d’applications sont ensuite proposés à l’inscription à la formation. Ils seront dispensés sous forme de sessions parallèles, si le nombre de participants intéressés est suffisant : 

    • Use case 1 : Cribler un protéome / metaprotéome 

    Prédire les structures 3D d’un nouveau (meta)protéome composé de protéines inconnues et/ou non publiées 

    • Use case 2 : Cribler des interactions protéiques 

    Mettre en oeuvre une analyse de type système appât/proie au sein d’un même protéome (ex: AlphaPullDown)

    • Use case 3 : Prédire la structure d’un complexe anticorps - antigène 

    Les spécificités de la prédiction et de l'interprétation de la structure 3D de paires antigène / anticorps.

    • Use case 4 : Cribler des interactions de ligands chimiques avec une protéine.

    Cribler une banque de données de ligands sur une protéine.

    • Use case 5 : Échantillonnage massif des prédictions d’un complexe protéique

    Générer des milliers de prédictions avec MassiveFold pour un même complexe protéique dans le but d’obtenir une prédiction de bonne qualité quand une exécution basique d’AlphaFold ne suffit pas.


  • Objectifs pédagogiques

    A la fin de la formation les participants 

    • sauront demander un compte et dimensionner leur demande de ressources auprès de l’IDRIS/J. Zay 

    • auront utilisé les ressources de calcul intensif GPU de Jean Zay 

    • auront connaissance des fonctionnalités de l’écosystème  AlphaFold

    • auront utilisé un des outils dérivés d’AlphaFold (ex: MassiveFold) sur des données proposées par l’équipe pédagogique en suivant des bonnes pratiques informatiques (notamment dimensionnement adéquat des ressources) 

    • auront interprété les résultats et métriques d'AlphaFold et manipulé des outils d’aide à la post-analyse : 

      • visualisation des structures (ex: ChimeraX)

      • calcul de scores additionnels (ex: AF_analysis)

      • caractérisation des interfaces (ex: Pisa)

      • annotation des repliements (ex: FoldSeek) 

    • auront discuté des limites actuelles de ces outils et du panorama des ressources nationales disponibles ou mobilisables dans le futur sur cette thématique

    Une séance de tutorat collectif sera proposée lors de la dernière demi-journée de formation afin que les participants bénéficient s’ils le souhaitent de l’expertise de l’équipe pédagogique pour choisir et mettre en œuvre la stratégie d’analyse la plus adaptée à leur problématique.


  • Public cible

    Public cible

    Cette formation s’adresse en priorité à des bioinformaticiens ou informaticiens ayant une connaissance de base en modélisation de la structure des protéines. Le nombre de participants est limité à 15.

    Pour cette première édition les candidatures des membres ou collaborateurs de plateformes et équipes IFB seront prioritaires.

    Les prérequis sont les suivants :

    • Maîtrise de la ligne de commande Linux

    • Connaissances de base de l'utilisation d'un cluster de calcul 

    • Connaissances de base en biologie structurale (fondamentaux de la structure 3D de protéines,...)

    • Utilisation préalable d’AlphaFold de manière basique


  • Modalités d'inscription

    Les pré-inscriptions sont ouvertes du 9 juillet au 15 septembre 2025 

    Lien : https://framaforms.org/demande-dinscription-a-la-formation-alphafold-et-au-dela-modelisation-de-la-structure-3d-des

  • Equipe pédagogique

    • Hélène Chiapello, INRAE MaIAGE & IFB-core, organisatrice
    • Christophe Blanchet, CNRS IFB-core & PF PRABI-AMSB,  organisateur et formateur
    • Philippe Hupé, Institut Curie & PF CUBIC, organisateur et formateur
    • Frederic Jarlier, Institut Curie & PF CUBIC, helper
    • Thibault Very, CNRS et IDRIS, organisateur, formateur et helper
    • Raphael Guerois, CEA I2BC & PF BIOI2, formateur et helper
    • Sylvain Marthey, INRAE MaIAGE, helper
    • Chloé Quignot, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
    • Baptiste Roelens, CEA I2BC & PF BIOI2, helper
    • Romuald Marin, CNRS IFB-core & PF PRABI-AMSB, helper
    • Guillaume Brysbaert, CNRS UGSF & PF Bilille, formateur
    • Samuel Murail, Université de Paris-Cité & PF RPBS, organisateur et formateur