Section outline
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Lundi 14 octobre 2024 - Bat L salle de conférence 13h30-14h00 Introduction, présentation des intervenants et formateurs 14h00-15h30 Présentation de l'IFB
Présentation des bonnes pratiques en bioinformatique
Présentation des containers15h30-16h00 pause 16h00-17h30 Les clusters de calculs et schedulers
Accéder au cluster IFB (Open OnDemand, slurm)
Mardi 15 octobre 2024 - Bat B (2ème étage NF et 3ème étage Smk) 9h00-10h30 Présentation des gestionnaires de workflows SnakeMake et Nextflow 10h30-11h00 pause 11h00-12h30 Ateliers en parallèle sur des workflows fournis par l'équipe pédagogique
Atelier 1 : Snakemake
Atelier 2 : Nextflow12h30-14h00 Déjeuner 14h00-15h30 Ateliers en parallèle sur des workflows fournis par l'équipe pédagogique
Atelier 1 : Snakemake
Atelier 2 : Nextflow15h30-16h00 pause 16h00-16h45 En pleinière : bilan des ateliers et comparaison des langages SnakeMake et NextFlow 16h45-17h30 Présentation flash des scripts des participants pour atelliers du mercredi
Mercredi 16 octobre 2024 - bat B salles E04 et E05 (sous-sol) 9h00-9h15 Mise en place des ateliers et sous-groupes 9h15-10h30 Travail en sous-groupes sur les workflows d'analyse des participants 10h30-11h00 pause 11h00-12h15 Travail en sous-groupes sur les workflows d'analyse des participants 12h15-12h30 Bilan flash par sous-groupes du travail 12h30 Questionnaire final