Résumé de section

  • Généralités

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    • Annonces Forum

    • Présentation et application des principes FAIR de gestion des données dans un projet bioinformatique.

      L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une formation à destination de bioinformaticiens, biologistes et médecins impliqués dans des projets d’analyse bioinformatique de jeux de données omiques et souhaitant mettre en œuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) tout au long du déroulement du projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche et présentera sous forme de séances pratiques les ressources nationales accessibles à la communauté scientifique ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche.


  • Prérequis : nous demandons à chaque participant (formateur et apprenant)


    • 1. De vous créer un compte personnel sur les outils listés dans le tableau ci-dessous pour vous permettre de les utiliser pendant la formation


      OutilFonctionSiteCommentaire
      OpidorRédaction et partage de PGDhttps://dmp.opidor.frRecommandations : (1) Le faire quelques jours avant le démarrage du cours : il se peut que la validation du compte ne soit pas immédiate et (2) Utiliser une « identification institutionnelle » plutôt qu’une identification par nom et mot de passe.
      OSFCréation d’un espace partagé pour gérer les documents /fichiers d’un projethttps://osf.io/Il est recommandé d’utiliser son ORCID si on en a un. Lors du renseignement du profil, bien veiller à choisir le lieu de stockage comme étant Frankfurt / Allemagne


      2.  De choisir et déposer sur un espace partagé OSF une photo d’un lieu ou objet de votre choix que les autres participants devront deviner

      1. Nommer ce fichier avec votre nom
      2. Déposer le fichier sur le site https://osf.io/ : utiliser pour cela le lien confirmant l’ouverture de l’accès au projet et transférer la photo sur Formation IFB science ouverte & PGD


  • Modalités pratiques



    • 4 modules de 3 heures et 30 minutes en distanciel synchrone de 9h00 à 12h30. L’outil utilisé pour cette formation est Zoom. Il est important de vérifier avant les sessions que :

      • Votre micro est fonctionnel ;
      • Votre caméra est fonctionnelle ;
      • Vous avez repéré l’espace de partage ;
      • Vous êtes en mesure de partager votre écran.

      Des travaux ponctuels seront à effectuer entre les modules.



  • Jour 1 - lundi 15 novembre - 9h à 12h30

    Les données de la Recherche et leur centralité dans le processus de recherche

    • Module1-diaporama-complet Fichier
    • Sequence de bienvenue et brise glace Fichier

      Séance de lancement de la formation avec présentation de l'équipe et des objectifs pédagogiques

      Bienvenue à toutes et à tous dans la formation FAIR Data proposée par l’IFB. Nous sommes ravis de vous accueillir !

      Logistique

      Avant de commencer, faisons un petit point logistique pour s’assure que cette formation se déroule au mieux: Pourriez vous vérifier que :

      • Votre micro est fonctionnel ;
      • Votre caméra est fonctionnelle ;
      • Vous avez repéré l’espace de partage ;
      • Vous êtes en mesure de partager votre écran.

      Votre photo emblématique

      Pour mieux connaissance avec vous, pourriez vous nous partager votre photo emblématique ? Si, oui :

      • A-t-elle été bien téléversée sur le site de partage de la formation ?
      • A-t-elle été nommée d’une manière reconnaissable ?
      • Est-elle libre de droits ?

      À vous la parole !

      À tour de rôle , chaque participant se présente en donnant :

      • Son nom et prénom ;
      • Son lieu d’activité ;
      • Un bref exposé des rôle & responsabilités ;
      • ce qu’il/elle attend de cette formation ;
      • Une présentation de la photo téléversée :
        • Une question par personne pour déterminer le lieu où cette photo a été prise ;
        • La langue sera donnée au chat si pas de succès.
          

    • Activité Brise Glace Page

      Scéance de lancement de al formation avec présentation de l'équipe et des objectifs pédagogiques

    • Crise de reproductibilité Page
    • vers le FAIR Page
    • Youtube URL
    • Module 1 avec DMP OPIDoR Fichier

      Revisiter le module 1 avec l'aide de l'outil d'aide au PGD DMP OPIDoR


    •  Homework

      • Créer un compte sur DMP OPIDoR

      • Créer et ouvrir un Plan de Gestion des Données basé sur le modèle choisi (mode entraînement)

      • Inviter les formateurs comme collaborateurs


  • Jour 2 - mardi 16 novembre - 9h à 12h30

    La vie des des données pendant le projet : guide de bonnes pratiques 


  • Jour 3 - mercredi 17 novembre - 9h à 12h30

    Les Métadonnées : les standards du domaine des données omiques en biologie

  • Jour 4 - jeudi 18 novembre - 9h à 12h30

    Partager et diffuser les données. Le cadre juridique, les entrepôts et les licences sur les données