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Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit" édition 2024

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Supports pédagogiques Single-cell RNA

Completion requirements
    • Intro_RmdIntro_Rmd
      • basic_analysis_html.htmlbasic_analysis_html.html
      • basic_analysis_R.Rbasic_analysis_R.R
      • Introduction Rmardown.jsonIntroduction Rmardown.json
      • R_to_Rmd.htmlR_to_Rmd.html
    • photos_workflows_2023photos_workflows_2023
      • 1_IMG_20231107_115630.png
      • 2_IMG_20231108_083955.png
      • 3_IMG_20231108_084007.png
      • 4_IMG_20231109_122614_1.jpg
      • 5_IMG_20231109_125200.png
      • 6_IMG_20231109_125204.png
    • 01_Technologies_single-cell.pdf01_Technologies_single-cell.pdf
    • 02_IGV.pdf02_IGV.pdf
    • 03_Preprocessing_mapping_count_matrix.pptx.pdf03_Preprocessing_mapping_count_matrix.pptx.pdf
    • 04_Preproc_Prepping.Matrix.pdf04_Preproc_Prepping.Matrix.pdf
    • 5_CellAnnotation.pdf5_CellAnnotation.pdf
    • 06_The_SeuratObject_v5_2024.pdf06_The_SeuratObject_v5_2024.pdf
    • 07_TD_Annotation-2.html07_TD_Annotation-2.html
    • 07_Visualisation_DimRed_Clustering.pdf07_Visualisation_DimRed_Clustering.pdf
    • 09_Integration.pdf09_Integration.pdf
    • 2024_TD_Integration.html2024_TD_Integration.html
    • 2024_TD_PreProc.1_Load.Droplets.Ambient.html2024_TD_PreProc.1_Load.Droplets.Ambient.html
    • 2024_TD_PreProc.3_Filtering.Dbl.CC.html2024_TD_PreProc.3_Filtering.Dbl.CC.html
    • 2024_TD_Proc.2_DimRed.Viz.Clust.html2024_TD_Proc.2_DimRed.Viz.Clust.html
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    • R_in_RStudio.htmlR_in_RStudio.html
    • Single Cell Analysis - Beyond.pdfSingle Cell Analysis - Beyond.pdf
    • SingleCell_DEA.htmlSingleCell_DEA.html
    • SingleCell_GSEA.htmlSingleCell_GSEA.html
    • TD_QC_metrics.htmlTD_QC_metrics.html
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