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    Formation EBAII IFB Aviesan Niveau 1 : Traitement des Données de Variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq



    Description : La formation EBAII IFB Aviesan de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.

    Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".

    Objectifs généraux:

    • Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
    • Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
    • Interpréter les résultats des analyses de données NGS.

    Durée : La formation s'étend sur une période de cinq jours, du dimanche à 18h au vendredi à 14h, offrant aux participants une immersion complète dans le domaine de l'analyse de données NGS.

    Environnement de Travail : Les participants seront exposés à un environnement de travail basé sur l'utilisation de commandes en ligne via un terminal Linux et du langage de programmation R. Aucune connaissance préalable de ces environnements n'est nécessaire, mais les participants seront encouragés à suivre une autoformation en ligne avant le début de la formation pour faciliter leur prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques. 

    Tutorat Personnalisé : Les participants bénéficieront d'un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d'analyse et pour effectuer les premières étapes du traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe. Il est important de noter que le tutorat ne vise pas à réaliser l'analyse complète des données des participants, mais plutôt à les guider dans le processus.

    Langue : Tous les cours de cette formation seront dispensés en français, les supports de cours sont en anglais.

    Lieu : Les cours se dérouleront à Roscoff, à l'Hôtel de France.

    Inscriptions : https://ebaii-ngs-niveau1-2023.pasteur.cloud/

    Frais d'Inscription : Les frais d'inscription s'élèvent à 1000€ HT pour les participants académiques et EPIC, et à 2500€ HT pour les participants industriels. Ces frais comprennent l'hébergement et la restauration, mais les frais de transport restent à la charge des participants.

    Modalités d'inscription : Date limite de pré-inscription : 14 juin 2024 (sélection des participants : fin juin 2024). Chaque année la demande dépasse de loin notre capacité d’accueil (40 places), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

    Coordination scientifique : Erwan Corre (CNRS), Matthias Zytnicki (INRAE), Rachel Legendre (Institut Pasteur), Lucie Khamvongsa-Charbonnier (IFB).

    Formateurs et tuteurs : Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRAE, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université, Université de Lille. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et de l'INSERM (Institut national de la santé et de la recherche médicale).

    Compte twitter : https://twitter.com/EBAI_Roscoff

    Informations : ecole-bioinfo@groupes.renater.fr

    La formation EBAII IFB Aviesan Niveau 1 offre une opportunité unique pour les professionnels de la biologie de développer leurs compétences en bioinformatique et d'acquérir une compréhension approfondie de l'analyse de données NGS, le tout dans un environnement d'apprentissage intensif et pratique.