| Lundi 18 novembre | | | |
| 16h30-17h45 | Introduction scRNAseq | Morgane Thomas-Chollier
| Slide |
Mardi 19 novembre
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| 8h30-8h45 | IGV | Emilie Drouineau | Slide |
8h45-10h15
| Mapping to counts | Eulalie Liorzou | Slide
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| 10h15-10h45 | Pause café | | |
| 10h45-11h15 | Connexion à OoD-Rstudio | Emilie Drouineau | Slide
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| 11h15-12h00 | R/Rstudio : théorie | Emilie Drouineau | Slide
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| 12h00-12h45 | Introduction
Rmarkdown | Audrey Onfroy | From R to Rmd
Example (en R, en HTML) |
| 14h30-16h00 | PREPROC.1
. SOv5 /datasets
. Droplets filtering
. Ambient RNA | Bastien Job | Slide
TD : Notebook (html)
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| 16h00-16h30 | Pause café | | |
| 16h30-17h30 | PREPROC.2
. Counts & metrics | Audrey Onfroy | TD: Notebook |
| 17h30-17h45 | Workflow |
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| 17h45-19h00 | Tutorat | | |
| Mercredi 20 novembre | | | |
| 8h30-9h30 | PREPROC.3
. Filtering
. Cell cycle
. Doublets | Bastien Job | TD: Notebook
Slides Objet Seurat
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| 9h30-10h15 | PROC.1 (début)
Normalisation | Nathalie Lehmann | Slide
Notebook |
| 10h15-10h45 | Pause café | | |
| 10h45-12h45 | PROC.1 (fin)
Normalisation
Scaling
Régression | Nathalie Lehmann | (suite) |
14h30-16h00
| Temps libre | | |
16h00-16h30
| Pause café
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16h30-16h40
| Workflow
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| 16h40-17h45 | PROC.2
. DimRed
. Clustering
. Visualisation | Bastien Job | Slide
Notebook |
| 17h45-18h30 | Intégration | Nathalie Lehmann | Slide
Notebook |
| 18h30-18h45 | Workflow | | |
| Jeudi 21 novembre | | | |
| 8h30-9h30 | DEA | Thibault Dayris | Notebook |
| 9h30-10h15 | Annotation cellules (début) | Eulalie Liorzou | Slide
Notebook |
| 10h15-10h45 | Pause café | | |
| 10h45-11h00 | Annotation cellules (fin) | Eulalie Liorzou | (suite) |
| 11h00-12h00 | GSEA | Thibault Dayris | Notebook |
| 12h00-12h45 | BILAN Workflow
ouverture / Q&A | Bastien Job | Slide |
| 14h30-19h00 | Tutorat | | |
| Vendredi 22 novembre | | | |
| 8h30-12h45 | Tutorat | | |
