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  • Généralités

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    Formation EB3I IFB Niveau 1 : Traitement des Données de Variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq du 16 au 21 novembre 2025. 



    Description : La formation EB3I IFB, INSERM et INRAe de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.

    Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".

    Objectifs généraux:

    • Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
    • Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
    • Interpréter les résultats des analyses de données NGS.

    Durée : La formation s'étend sur une période de cinq jours, du dimanche 16 novembre à 18h au vendredi 21 novembre à 14h, offrant aux participants une immersion complète dans le domaine de l'analyse de données NGS.

    Environnement de Travail : Les participants seront exposés à un environnement de travail basé sur l'utilisation de commandes en ligne via un terminal Linux et du langage de programmation R. Aucune connaissance préalable de ces environnements n'est nécessaire, mais les participants seront encouragés à suivre une autoformation en ligne avant le début de la formation pour faciliter leur prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques. 

    Tutorat Personnalisé : Les participants bénéficieront d'un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d'analyse et pour effectuer les premières étapes du traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe. Il est important de noter que le tutorat ne vise pas à réaliser l'analyse complète des données des participants, mais plutôt à les guider dans le processus.

    Langue : Tous les cours de cette formation seront dispensés en français, les supports de cours sont en anglais.

    Lieu : Les cours se dérouleront à Roscoff, à l'Hôtel de France.

    Frais d'Inscription : Les frais d'inscription s'élèvent à 1000€ HT pour les participants académiques et EPIC, et à 2500€ HT pour les participants industriels. Ces frais comprennent l'hébergement et la restauration, mais les frais de transport restent à la charge des participants.

    Modalités d'inscription : Date limite de pré-inscription : 7 juin 2025 (sélection des participants : juin 2024). Chaque année la demande dépasse de loin notre capacité d’accueil (40 places), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

    Coordination scientifique : Erwan Corre (CNRS), Matthias Zytnicki (INRAE), Rachel Legendre (Institut Pasteur), Lucie Khamvongsa-Charbonnier (IFB).

    Formateurs et tuteurs : Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRAE, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université, Université de Lille. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et de l'INSERM (Institut national de la santé et de la recherche médicale).

    Compte LinkedIn : EB3I

    Informations : ecole-bioinfo@inserm.fr

    La formation EB3I IFB INRAe Niveau 1 offre une opportunité unique pour les professionnels de la biologie de développer leurs compétences en bioinformatique et d'acquérir une compréhension approfondie de l'analyse de données NGS, le tout dans un environnement d'apprentissage intensif et pratique.

     INRAe



  • Cours communs

    HoraireTitre Orateur Support
     Lundi 17 novembre 
    		   
     8h30-8h50
    		 Intro Cluster 
    		 Gildas Le Corguillé     
     Julien Seiler     		 Slide
     9h00-10h15  Intro Linux Pauline François
     Mathieu Genete
     Elise Jacquemet
     Claire Toffano-Nioche
    		 Slide (Jupyter)
     Slide (commandes)
     Slide (aide)
     10h15-10h45 Pause café  
     10h45-12h45 Linux Arborescence  Pauline François
     Mathieu Genete
     Elise Jacquemet
     Claire Toffano-Nioche    		 Slide (arborescence)
     Slide (commandes de base)
     Slide (manipulation de fichiers)
     Bonus (GameShell)
     14h30-15h00 Intro NGS Claude Thermes
     Morgane Thomas-Chollier     		 Slide
     Vidéo synthétique (7min-Youtube)  
     15h00-16h00 Qualité des lectures Claire Toffano-Nioche
     Pauline François
     Mathieu Genete
    		 Slide
     16h00-16h30 Pause café  
     16h30-17h45 Mapping Pauline François
     Mathieu Genete
    		 Slide
     18h00-19h00 Exposé d'ouverture: Long reads  Claude Thermes Partie 1
     Partie 2
     Mardi 18 novembre   
     8h30-10h15 IGV Morgane Thomas-Chollier
     Sophie Lemoine
     Jean-Pascal Meneboo
    		 IGV_documentation
     IGV_practical
     IGV_data
     Mercredi 19 Novembre    
     8h30-10h15 Intro R Elodie Darbo
     Elise Jacquemet
     Mathieu Genete
    Charlotte Berthelier    		 Slide
     Données csv, tsv, xlsx   
     Jeudi 20 Novembre   
     10h45-12h05 Manipulation de données
    		 Nadia Bessoltane
     Pauline François
     Claire Toffano-Nioche    		 Slide

     12h05-12h45 Demo cluster  Gildas Le Corguillé     
     Julien Seiler 
    		 TD


  • Atelier ChIP-seq

    HoraireTitre Orateur Support
     Mardi 18 novembre 
    		   
     10h45-12h45
    		 Design expérimental, qualité 
    		 Stéphanie Le Gras  Slides
     Hands-on     
     14h30-16h00 Mapping Stéphanie Le Gras
     16h00-16h30 Pause café  
     16h30-17h45 Normalisation Pascal Martin 
     17h45-19h00 Tutorat  
     Mercredi 19 novembre    
     10h45-12h45 Peak-calling Pascal Martin
     14h30-16h00 Temps libre  
     16h00-16h30  Pause café  
     16h30-17h45 Analyse de motifs Elodie Darbo  
     17h45-19h00 Annotation des pics Elodie Darbo  
     Jeudi 20 novembre   
     8h30-10h15 Scripting/workflow Rachel Legendre
    		 Html
     14h30-15h30 Tutorat / ATAC-seq / CUTs Stéphanie Le Gras Slides Cut
     15h30-19h00 Tutorat  
     Vendredi 21 novembre   
     8h30-12h45 Tutorat  


  • Atelier Variants

    HoraireTitre Orateur Support
     Mardi 18 novembre 
    		   
     10h45-11h00
     11h00-12h45
    		 Introduction
     Processing Post-Alignement     		 Nadia Bessoltane
     Vivien DESHAIES
    		 html
     html
     14h30-16h00 Small Variant Calling & annotation
    		 Vivien DESHAIES
    		 Slide
     html
     16h00-16h30 Pause café  
     16h30-19h00 Structural variant calling Gabriele Adam Slide
     html




     Mercredi 19 novembre    
     10h45-11h30
    		 Quelques fonctions utiles sous R
    		 Nadia Bessoltane Slide
     10h30-12h45
    		 Manipuler les variants sous R Nadia Bessoltane Slide
     html
     14h30-16h00 
     16h00-16h30    		 Temps libre 
     Pause café    		  
     16h30-17h45 Manipuler les variants sous R Nadia Bessoltane
    		 tar.gz
     17h45-19h00 Tutorat
    		 
     Jeudi 20 novembre   
     8h30-10h15 Scripting/workflow Gabriele Adam
    		html
     14h30-19h00 Tutorat  
     Vendredi 21 novembre   
     8h30-12h45 Tutorat  


  • Atelier RNA-seq

    Horaire  Titre  Orateur  Support
     Mardi 18 novembre 
    		      
     10h45-12h45
    		  Bio-informatique
    		  Sarah Farhat
     Claire Toffano-Nioche  
    		  Slide
     TD (pour JupyterLab ou en HTML)  
     14h30-16h00  Bio-statistique (1/2)
    		  Charlotte Berthelier
     Elise Jacquemet
    		  Slide
     16h00-16h30  Pause café    
     16h30-17h45  Bio-statistique (2/2)   Charlotte Berthelier
     Elise Jacquemet    		  cf matin
     17h45-19h00  Tutorat    
     Mercredi 19 novembre       
     10h45-12h45  SARTools en pratique  Charlotte Berthelier
     Elise Jacquemet    		  TD (en R)
     Données (à dézipper)
     14h30-16h00  Temps libre    
     16h00-16h30  Pause café    
     16h30-17h45  Analyses d'enrichissement 
    		  Jean-Pascal Meneboo
     Audrey Onfroy
    		  Slide
     TD
     Données du TD
     17h45-18h15  Définition d'ontologies Audrey Onfroy
     Claire Toffano-Nioche
    		  Slide
     18h15-19h00  Assemblage de novo
    		  Erwan Corre
     Mathieu Genete
    		  Slide
     Jeudi 20 novembre      
     8h30-10h15  Scripting / workflow  Charlotte Berthelier
     Claire Toffano-Nioche    		  Html
     14h30-19h00  Tutorat    
     Vendredi 21 novembre      
     8h30-12h45  Tutorat    

  • Atelier Single-cell RNA

    HoraireTitre Orateur Support
     Lundi 17 novembre     
     16h30-17h45 Introduction scRNAseq Morgane Thomas-Chollier
    		 Cours : Slides
     Mardi 18 novembre 
    		   
     8h30-8h45 IGV Margot Tragin Cours : Slides
     8h45-10h15
    		 Mapping to counts  Margo Tragin 
     Lilia Younsi    		 Cours : Slides    
     10h15-10h45 Pause café  
     10h45-11h15 Connexion à OoD / Rstudio William Jarassier Cours : Slides
     11h15-12h00 R/Rstudio : théorie William Jarassier  Cours : Slides (same as
    "Connexion à OoD-Rstudio")
     12h00-12h45 Introduction à Rmarkdown Audrey Onfroy TD : From R to Rmd
     Example (en R, en HTML) 
     14h30-16h00 PREPROC.1
     . SOv5 /datasets
     . Droplets filtering
     . Ambient RNA    		 Bastien Job
     William Jarassier    		 Cours : Slides
     TD : RMD
     TD : HTML
     Cours : The Seurat v5 Object
     16h00-16h30 Pause café  
     16h30-17h30 PREPROC.2
     . Counts & metrics     		 Lilia Younsi
     Sébastien Mella    		 Cours : Slides (same as 
      "PREPROC.1")
     TD : RMD
     TD : HTML
     17h30-17h45 Workflow 
    		 
     17h45-19h00 Tutorat  
     Mercredi 19 novembre    
     8h30-9h30 PREPROC.3
     . Filtering
     . Cell cycle
     . Doublets    		 Bastien Job
     Lilia Younsi
    		 Cours : Slides (same as 
      "PREPROC.1")
     TD : RMD
     TD : HTML
     9h30-10h15 PROC.1 (début) 
     . Normalisation     		 Sébastien Mella
     William Jarassier    		 Cours : Slides
     TD : RMD
     TD : HTML
     10h15-10h45  Pause café  
     10h45-12h45 PROC.1 (fin)
     . Normalisation
     . Scaling
     . Régression    		 Sébastien Mella
     William Jarassier    		 (suite)
      14h30-16h00
    		 Temps libre  
     16h00-16h30
    		 Pause café
    		  
     16h30-16h40
    		 Workflow
    		  
     16h40-17h45 PROC.2
     . DimRed
     . Clustering
     . Visualisation    		 Bastien Job
     Lilia Younsi
    		 Cours : Slides
     TD : RMD
     TD : HTML (zipped)
     17h45-18h30 Intégration Sébastien Mella Cours : Slides
     TD : RMD
     TD : HTML 
     18h30-18h45 Workflow  
     Jeudi 20 novembre   
     8h30-9h30 Expression différentielle William Jarassier TD : RMD
     TD : HTML 
     9h30-10h15 Analyses d'enrichissement
     (début)    		 Thibault Dayris
     Audrey Onfroy    		 Cours : HTML
     10h15-10h45 Pause café  
     10h45-11h00 Analyses d'enrichissement
     (fin)    		 Thibault Dayris
     Audrey Onfroy    		 (suite)
     11h00-12h00 Annotation des cellules Margot Tragin
     Sébastien Mella    		 Cours : Slides
     TD : RMD
     TD : HTML 
     12h00-12h45 Wrap-up / Ouverture
     Bilan Workflow
     Dernier Q&R commun    		 Bastien Job Cours : Slides
     14h30-19h00 Tutorat  
     Vendredi 21 novembre   
     8h30-12h45 Tutorat