Section outline
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Mardi 9 avril Contenu Horaire Intervenant Support Présentation 09h30 Introduction FAIR 10h00 Valérie C PDF Pause café 11h00 Organiser son projet 11h15 Thomas D PDF Présentation de l'infrastructure de l'IFB core 12h00 Julien S PDF Pause déjeuner libre 12h15 Présentation du Use case 13h30 Valérie C PDF Premier pas avec JupyterLab 14h00 Julien S PDF Pause café 15h00 Création du pipeline via Notebook 15h15 Thomas D PDF Initiation à conda 16h15 Julien S PDF Questions/réponses 17h15
Mercredi 10 avril Contenu Horaire Intervenant Support Conda (suite) 09h00 Julien S Premier pas avec Git 10h00 Julien S PDF Pause café 11h00 Utilisation de GitHub 11h15 Thomas D PDF Pause déjeuner libre 12h00 Distribuer son pipeline avec Docker et Apptainer 13h30 Julien S PDF Introduction à Snakemake 14h30 Valérie C PDF Pause café 15h15 Création du pipeline Snakemake
et bonnes pratiques15h30 Valérie C Questions/réponses 17h15
Jeudi 11 avril Contenu Horaire Intervenant Support Introduction à SLURM 09h15 Julien S PDF Lancer son pipeline Jupyter via SLURM 10h00 Julien S tar.bz2 Pause café 10h30 Alternative aux notebooks Jupyter 10h45 Thomas PDF GitHub Pages et Zenodo 11h30 Thomas D PDF Pause déjeuner libre 12h00 GitHub Pages et Zenodo 13h30 Thomas D Aller plus loin - programme au choix :
notebook, docker, snakemake14h30 Tous PDF Bilan - Evaluation 16h30 Tous