Topic outline

  • General

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  • Présentation de la formation

    La plateforme BiGEst organisera une session régionale de la formation IFB "Principes FAIR dans un projet de bioinformatique » du 9 au 11 avril 2024 à l’URFIST de Strasbourg, au Studium, salle E.02 à l'Entresol.

    Cette formation sur 3 jours est destinée à des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques sur les principes "FAIR" (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) appliqués à un projet d'analyse et/ou de développement.

  • Objectifs de la formation

    A l’issue de la formation, les participants pourront mettre en œuvre les principes de la science reproductible dans le cadre de leur projet en bioinformatique : assurer la traçabilité des analyses à l’aide de Jupyter Notebook, gérer des versions de codes avec Git, gérer des environnements logiciels, encapsuler un environnement de travail et concevoir/exécuter des workflows avec Snakemake.

     


  • Modalités

    La formation aura lieu du mardi 9 avril au jeudi 11 avril 2024  au Studium, salle E.02.

    Adresse : Studium, 2 rue Blaise Pascal, Strasbourg, salle E.02 à l'Entresol.

    Tram : Observatoire (C, E, F).

    La formation est gratuite. Les inscriptions sont closes.
    Les repas sont à votre charge.

  • Prérequis

    Connaître l’environnement Linux et les lignes de commandes, connaitre la programmation Shell, avoir des notions de R.


  • Equipe pédagogique

    Formateurs : Valérie Cognat (IBMP), Thomas Denecker (IFB), Julien Seiler (IGBMC)

    Helpers : Laurent Bouri (IGBMC), Alix Simon (IGBMC)

  • A faire avant la formation

    Pour la partie pratique vous aurez besoin d'un compte utilisateur sur le cluster de l'IFB-core, ainsi que d'un compte GitHub. Si vous n'en avez pas, merci de les créer avant la formation :

    - Se créer un compte sur le cluster de l'IFB : https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/

    - Se créer un compte github : https://github.com/signup?source=login


  • Programme


    Mardi 9 avril
    Contenu Horaire Intervenant Support
    Présentation 09h30
    Introduction FAIR
    		 10h00 Valérie C
    		 PDF
    Pause café
    		 11h00
    Organiser son projet 11h15 Thomas D
    		 PDF
    Présentation de l'infrastructure de l'IFB core        
    		12h00 Julien S
    		 PDF
    Pause déjeuner libre
    		 12h15
    Présentation du Use case
    		 13h30 Valérie C
    		 PDF
    Premier pas avec JupyterLab
    		 14h00 Julien S
    		 PDF
    Pause café
    		 15h00
    Création du pipeline via Notebook
    		 15h15 Thomas D
    		 PDF
    Initiation à conda
    		 16h15 Julien S
    		 PDF
    Questions/réponses 17h15


    Mercredi 10 avril
    Contenu Horaire Intervenant Support
    Conda (suite)
    		 09h00 Julien S
    Premier pas avec Git
    		 10h00 Julien S
    		 PDF
    Pause café
    		 11h00
    Utilisation de GitHub
    		 11h15 Thomas D
    		 PDF
    Pause déjeuner libre
    		 12h00
    Distribuer son pipeline avec Docker et Apptainer
    		 13h30 Julien S
    		 PDF
    Introduction à Snakemake
    		 14h30 Valérie C
    		 PDF
    Pause café
    		 15h15
    Création du pipeline Snakemake
    et bonnes pratiques
    		 15h30 Valérie C
     Questions/réponses  17h15    


    Jeudi 11 avril
    Contenu Horaire Intervenant Support
    Introduction à SLURM
    		 09h15 Julien S
    		 PDF
    Lancer son pipeline Jupyter via SLURM               
    		10h00 Julien S
    		 tar.bz2
    Pause café
    		 10h30
    Alternative aux notebooks Jupyter
    		 10h45 Thomas
    		 PDF
    GitHub Pages et Zenodo
    		 11h30 Thomas D
    		 PDF
    Pause déjeuner libre
    		 12h00
    GitHub Pages et Zenodo 13h30 Thomas D
    Aller plus loin - programme au choix :
    notebook, docker, snakemake
    		 14h30 Tous PDF
    Bilan - Evaluation
    		 16h30 Tous