Aperçu des sections

  • Description de la formation

    L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d’analyse et de développement. Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d’ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n’abordera pas les aspects “FAIR” spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses.

    Objectifs pédagogiques

    A la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.

    Modalités

    La formation aura lieue à Paris du 13 au 15 juin 2022.

    Les inscriptions sont closes.

    La formation s’organise en deux temps :

    • Premier et deuxième jours : formation théorique et pratique aux outils de la science reproductible dans un projet bioinformatique
    • Troisième jour : atelier optionnel de travail sur le matériel pédagogique de la formation à destination de futurs formateurs

    Prérequis

    Linux, programmation shell, notions de R et Python

    Tarifs

    • Académique : 200 € pour 2 jours et 300 € pour 3 jours
    • Non-académique : 800 € pour 2 jours ou 1200 € pour 3 jours

    Important

    Le nombre de participants est limité à 15 personnes maximum . Il est possible d’assister uniquement aux deux premiers jours de la formation, merci de nous indiquer cette information dans le formulaire d’inscription.

    Vous devrez vous munir de votre ordinateur portable avec installation préalable de docker pour pouvoir participer à la formation

    Organisation

    • IFB : Hélène Chiapello, Yoursra Mahmah

    Formateurs

    • IFB : Thomas Denecker, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler
    • I2BC : Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche


  • Programme et liens vers supports


    Contenu

    Horaires

    Intervenant

    Support de cours

    Lundi 13 juin (accueil à partir de 9h)

    Accueil, présentation de la formation, tour de table

    9:30-10:00

    Hélène

    00_presa_IFB

    Introduction FAIR & reproductibilité

    10:00-10:45

    Claire/Céline

    01_intro_FAIR

    Usecase 1 -  e-labbook

    Intro au usecase

    10:45-11:00

    Claire

    02_intro_usecase1

    Organiser son projet

    11:15-11:45

    Thomas

    03_Organiser_son_projet

    Notebook, concept des liens entre texte et code (JupyterLab local - Démo live)

    11:45-12:45

    Céline

    04_Pres_notebook
    04_TP_jupyterlab

    Pause déjeuner 

    Versionning de code (Git) 

    13:45-14:15 

    Claire

    05_presentation_git.html

    05_presentation_git.tar.gz

    05_presentation_git.pdf

    TP Git

    14:15-15:15

    Claire


    Usecase 2 - Développement (en local, exposition) 

    Intro au usecase

    15:45-16:00 

    Claire

    06_intro_usecas2

    Premiers pas vers un environnement contrôlé : Conda

    16:00-16:30 

    Claire

    07_intro_encapsulation.pdf
    07_tutoriel_conda.html
    07_tutoriel_conda.tar.gz
    07_tutoriel_conda.pdf

    Présentation de Github

    Exposer son travail (GitHub/GitLab)

    • Intégration github et jupyter

    • DOI avec Zenodo

    • GitHub Pages

    16:30-17:30

    Claire



    Thomas

    08_presentation_GitHub.pdf




    09_exposer_son_travail

    Mardi 14 juin

    Distribuer son code et l’environnement (Docker)

    9:30-11:30

    Céline

    09b_encapsulation_Docker
    09b_TP_Docker

    Usecase 3 - cluster 

    Intro au usecase

    11:45-12:00

    Gildas, Julien

    10_intro_usecase3

    Cluster de calcul de l’IFB (Jupyterlab, slurm) partie 1

    12:00-12:45

    Julien, Gildas

    Pause déjeuner

    Cluster de calcul de l’IFB (Jupyterlab, slurm) partie 2

    13h45-14:30

    Julien, Gildas

    11_IFB_Infra_core_cluster

    Workflow (Snakemake)

    14:30-15:30 

    Claire

    12_tutoriel_snakemake.html
    12_tutoriel_snakemake.tar.gz
    12_tutoriel_snakemake.pdf

    TP Snakemake (Singularity)

    15:30-16:30

    Julien, Gildas


    11_IFB_Infra_core_cluster

    Conclusion - questionnaires évaluation

    16:30-17:00

    Claire, Céline

    13_conclusion
    Lien questionnaire évaluation

    Mercredi 15 juin

    Bilan des évaluations des participants et discussions sur les points d'amélioration

    9:30-10:30

    Tous

    Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices)

    10:30-12:30

    Tous

    Pause déjeuner

    Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices)

    13:30:15:30

    Tous

    Conclusion

    15:30-16:00

    Tous