| Lundi 17 novembre | | | |
| 16h30-17h45 | Introduction scRNAseq | Morgane Thomas-Chollier
| Cours : Slides |
Mardi 18 novembre
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| 8h30-8h45 | IGV | Margot Tragin | Cours : Slides |
8h45-10h15
| Mapping to counts | Margo Tragin
Lilia Younsi | Cours : Slides
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| 10h15-10h45 | Pause café | | |
| 10h45-11h15 | Connexion à OoD / Rstudio | William Jarassier | Cours : Slides |
| 11h15-12h00 | R/Rstudio : théorie | William Jarassier | Cours : Slides (same as
"Connexion à OoD-Rstudio") |
| 12h00-12h45 | Introduction à Rmarkdown | Audrey Onfroy | TD : From R to Rmd
Example (en R, en HTML) |
| 14h30-16h00 | PREPROC.1
. SOv5 /datasets
. Droplets filtering
. Ambient RNA | Bastien Job
William Jarassier | Cours : Slides
TD : RMD
TD : HTML
Cours : The Seurat v5 Object |
| 16h00-16h30 | Pause café | | |
| 16h30-17h30 | PREPROC.2
. Counts & metrics | Lilia Younsi
Sébastien Mella | Cours : Slides (same as
"PREPROC.1")
TD : RMD
TD : HTML |
| 17h30-17h45 | Workflow |
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| 17h45-19h00 | Tutorat | | |
| Mercredi 19 novembre | | | |
| 8h30-9h30 | PREPROC.3
. Filtering
. Cell cycle
. Doublets | Bastien Job
Lilia Younsi
| Cours : Slides (same as
"PREPROC.1")
TD : RMD
TD : HTML
|
| 9h30-10h15 | PROC.1 (début)
. Normalisation | Sébastien Mella
William Jarassier | Cours : Slides
TD : RMD
TD : HTML |
| 10h15-10h45 | Pause café | | |
| 10h45-12h45 | PROC.1 (fin)
. Normalisation
. Scaling
. Régression | Sébastien Mella
William Jarassier | (suite) |
14h30-16h00
| Temps libre | | |
16h00-16h30
| Pause café
| | |
16h30-16h40
| Workflow
| | |
| 16h40-17h45 | PROC.2
. DimRed
. Clustering
. Visualisation | Bastien Job
Lilia Younsi
| Cours : Slides
TD : RMD
TD : HTML (zipped) |
| 17h45-18h30 | Intégration | Sébastien Mella | Cours : Slides
TD : RMD
TD : HTML |
| 18h30-18h45 | Workflow | | |
| Jeudi 20 novembre | | | |
| 8h30-9h30 | Expression différentielle | William Jarassier | TD : RMD
TD : HTML |
| 9h30-10h15 | Analyses d'enrichissement
(début) | Thibault Dayris
Audrey Onfroy | Cours : HTML |
| 10h15-10h45 | Pause café | | |
| 10h45-11h00 | Analyses d'enrichissement
(fin) | Thibault Dayris
Audrey Onfroy | (suite) |
| 11h00-12h00 | Annotation des cellules | Margot Tragin
Sébastien Mella | Cours : Slides
TD : RMD
TD : HTML |
| 12h00-12h45 | Wrap-up / Ouverture
Bilan Workflow
Dernier Q&R commun | Bastien Job | Cours : Slides |
| 14h30-19h00 | Tutorat | | |
| Vendredi 21 novembre | | | |
| 8h30-12h45 | Tutorat | | |