Topic outline
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Présentation de la formation
Dans l’objectif de fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif:
- une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens,
- la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.
Cette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants pour sa première édition.
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et de la plateforme pédagogique de l’Institut Français de Bioinformatique
Public visé
Cette formation est ouverte à toute la communauté mais cette première édition s’adresse en priorité à des bioinformaticiens des plateformes membres et équipes associées IFB souhaitant monter en compétence sur ce sujet et contribuer à la constitution de matériel pédagogique pour se préparer au montage de futures formations sur ce thème.
Objectifs pédagogiques
La formation a pour but :
- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,
- de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques.
- de créer, améliorer et partager les ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.
A la fin de cette formation les participants :
- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative,
- auront mis en oeuvre une analyse intégrative depuis la préparation des données jusqu’à l’analyse critique de résultats sur un/des jeux de données proposés lors de la formation,
- auront contribué à constituer du matériel pédagogique partagé sur le sujet.
Pré-requis
- Connaissances de base en Unix/shell, R et/ou Python
- Autonomie dans la gestion de son poste de travail (installation de librairies et maîtrise des environnements de packaging type conda)
Déroulement, date et lieu
L’école se déroule sur 5 jours (lundi-vendredi) avec 8 demi-journées de formation. A noter que la première demi-journée (lundi matin) et la dernière (vendredi après-midi) sont libres pour permettre à tous de se déplacer sur le lieu de formation.
Date
du 16 janvier 14h (premier déjeuner non inclus) au 20 Janvier 2023 14h (panier repas inclus)
Lieu
Site CAES CNRS Villa Clythia à Fréjus (https://www.caes.cnrs.fr/sejours/la-villa-clythia/)
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Forum
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Nous vous conseillons ces itinéraires pour vous rendre sur le lieu de la formation:
Train :
- Gare TGV SNCF de St-Raphaël-Valescure puis prendre la ligne 3 à l'arrêt “Saint-Raphaël Gare Routière” direction Fréjus Gare Routière bus Agglobus puis s’arrêter à l'arrêt “Villa Clythia” (11 min environ).
La gare TGV et la gare routière de Saint Raphaël sont dans le même bâtiment.
- Gare SNCF Fréjus, marcher 10 min jusqu’à la gare routière de Fréjus puis prendre la ligne 3 à l'arrêt “Fréjus gare routière” direction St-Raphaël Gare Routière bus Agglobus puis s’arrêter à l'arrêt “Villa Clythia” (25 min environ)
Avion :
Nice aéroport (70 km),
Transfert : Navettes depuis la gare de St Raphaël à l’aéroport de Nice
Ligne ST RAPHAEL - NICE compagnie ZOU! Région Sud (1h15)
https://services-zou.maregionsud.fr/fr/horaires/Zou-83/Bus/ligne/3003/direction/RETURN/746
Une fois à la gare de Saint Raphaël suivre les indications section Train.
Voiture :
Sur l’A8 prendre la sortie n° 38, Fréjus. Cartes Michelin 82 et 245.
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- NSBD (Marseille) : Anaïs Baudot, Morgane Terezol
- Biomedical Genomics Group (Heidelberg) : Carl Herrmann
- CIML(Marseille) : Delphine Potier
- IRISA (Rennes) : Olivier Dameron
- Bird (Nantes) : Alban Gaignard, Samuel Chaffron
- billile (Lille): Jimmy Vandel
- IFB : Hélène Chiapello, Olivier Sand, Lucie Khamvongsa-Charbonnier
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