Aperçu des sections

  • Présentation de la 2ème édition de l' Ecole d’Assemblage et d’Annotation AVIESAN – IFB – Inserm (2024).

    Tout replier Tout déplier

    Logo Aviesan

    Ecole thématique en Assemblage et Annotation de génomes à partir de données de lectures obtenues par séquençage à haut débit.
    Du     2 au 7 juin 2024, Station Biologique, Roscoff (http://www.sb-roscoff.fr/)

    L'assemblage et l'annotation de génomes ou métagénomes à partir de données de séquençage haut-débit (lectures courtes et/ou longues) sont aujourd'hui des activités fondamentales de la génomique et nécessitent des compétences spécifiques en bioinformatique. 

    L’école Assemblage & Annotation Aviesan - IFB- INSERM propose une formation complète aux biologistes qui souhaitent acquérir les compétences nécessaires à l'assemblage et l'annotation de (meta)génomes procaryotes ou eucaryotes. 

    Il s'agira en particulier d'introduire les concepts de base, d'utiliser les outils bioinformatiques récents du domaine et de procéder à l'interprétation des résultats. 

    La formation propose aux participants une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques ainsi qu'une séance de tutorat de l'équipe pédagogique pour élaborer un plan d’analyse, et initier le traitement de leurs données de séquençage, ou de celles de leur équipe.

  • Public visé et pré-requis

    Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) avec des jeux de données de séquençage à assembler et annoter (courtes et/ou longues lectures) de génomes ou métagénomes procaryotes ou eucaryotes. 

    Aucun pré-requis en bioinformatique n'est exigé. 

    Les séances pratiques auront lieu sous I'instance nationale Galaxy France usegalaxy.fr.

  • Objectifs pédagogiques

    Les objectifs de la formation sont

    • de comprendre les principes fondamentaux des algorithmes d'assemblage et annotation de génomes,
    • d'appliquer les outils récents du domaine sur des exemples de jeux de données fournis par l'équipe pédagogique,
    • d'être capable de comprendre et analyser les résultats de manière critique,
    • d'initier une stratégie d'analyse sur un jeu de données propre aux participants ou à leur équipe.

  • Modalités d'inscription

    Date limite de pré-inscription : 15 février 2024 (sélection des participants : fin février 2024). Si la demande dépasse notre capacité d’accueil (40 places, susceptible d’être adapté en fonction des conditions sanitaires  ), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription (voir le site Web pour la liste des critères). Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

    Renseignements : ecole-bioinfo@aviesan.fr

    Inscriptions : https://framaforms.org/inscription-formation-ebaii-assemblage-et-annotation-2024-1701095695

    Compte twitter : https://twitter.com/EBAI_Roscoff

    Frais d’inscription : 1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels.
    L’hébergement et la restauration sont inclus. Les frais de transport demeurent à la charge des participants.


  • Equipe pédagogique

    Coordination scientifique : Hélène Chiapello (IFB, INRAE), Erwan Corre (CNRS), Pauline François (ANSES), Rachel Legendre (Institut Pasteur), Matthias Zytnicki (INRAE).

    Formateurs et tuteurs : Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CEA, CNRS, INRAE, Ifremer, Inserm, Institut Pasteur, IRD. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d'AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).

    Coordination administrative : Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB.

    Numéro de déclaration de l’Inserm - organisme de formation : 11754553375