Résumé de section
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Lundi 3 juin Horaire Titre Supports 8h30-10h15 Introduction et présentation des participants et encadrants 10h45-12h45 Introduction au séquençage Intro 1/2
Intro 2/212h45-14h15 pause déjeuner - 14h30-16h00 Introduction à Galaxy Intro Galaxy
TP intro
TP import data16h30-17h45 Contrôle qualité QC 17h45-19h00 Tutorat -
Mardi 4 juin Horaire Titre Supports 8h30-10h15 Métriques QC assemblage & TP 10h45-12h45 Assemblage Assemblage & TP 12h45-14h15 pause déjeuner - 14h30-16h00 Polishing Polishing 16h30-17h45 Assemblage de données métagénomiques 1/3
OU
ScaffoldingAssemblage métaG
Scaffold & Data
Juicebox17h45-19h00 Tutorat -
Mercredi 5 juin Horaire Titre Supports 8h30-10h15 Assemblage de données métagénomiques 2/3
OU
Annotation structurale : détection de répétitionsAssemblage métaG
Répétitions & TP10h45-12h45 Assemblage de données métagénomiques 3/3
OU
Annotation structurale : prédiction de gènesAssemblage métaG
Intro annotation
Busco
TP annotation structurelle avec Funannotate, visualisation et BUSCO12h45-14h15 pause déjeuner - 14h30-16h00 Introduction à l'annotation de génomes procaryotes et présentation de Bakta
OU
Annotation structurale : visualisation, ARNlncIntro annotation
TP annotation
TP visualisation
Annotation ARNlnc
TP ARNnlc avec FEELnc16h30-17h45 Visualisation résultats Bakta avec Jbrowse et validation annotation structurale
OU
Annotation fonctionnelle : utilisation de EggNOG et InterProScan 1/2Bakta et Jbrowse
Annotation fonctionnelle17h45-19h00 Tutorat -
Jeudi 6 juin Horaire Titre Supports 8h30-8h35 Bonnes pratiques pour l'assemblage de génomes Tableau synthétique 8h35-10h15 Annotation fonctionnelle : utilisation de EggNOG et InterProScan 2/2 Annotation fonctionnelle 10h45-12h45 Annotation relationnelle et plateformes d'annotation automatique
OU
Annotation fonctionnelle : analyse intra et inter-spécifique des familles de gènesAnnotation relationnelle & Plateformes automatique et DB spécialisées
Annotation protein content12h45-14h15 pause déjeuner - 14h30-16h00 Construction d'un dataset de génomes procaryotes
OU
Annotation fonctionnelle : comparaison de gènesDataset public & Soumission de génome
Annotation protein content16h30-17h45 Comparaison et déréplication d'un dataset de génomes procaryotes
OU
Introduction à la pangénomique eucaryoteDataset public & Soumission de génome
Intro pangénomique euca17h45-18h45 Introduction à la pangénomique procaryote
OU
Introduction à la pangénomique eucaryoteIntro pangénomique pro
Intro pangénomique euca & TP
Vendredi 7 juin Horaire Titre Supports 9h00-10h30 Tutorat 10h45-12h15 Tutorat 12h15-12h45 Enquête d'évaluation 12h45-13h15 Débriefing et perspectives 13h15 Clôture de l'école - Si vous avez besoin de poser une question, d'exposer un problème ou de faire une demande (plus de quotas, ajout d'un outil, etc), vous pouvez le faire sur le forum de l'IFB. -