Programme et liens vers supports

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Horaires

Intervenant

Support de cours

Lundi 13 juin (accueil à partir de 9h)

Accueil, présentation de la formation, tour de table

9:30-10:00

Hélène

Introduction FAIR & reproductibilité

10:00-10:45

Claire/Céline

Usecase 1 -  e-labbook

Intro au usecase

10:45-11:00

Claire

Organiser son projet

11:15-11:45

Thomas

Notebook, concept des liens entre texte et code (JupyterLab local - Démo live)

11:45-12:45

Céline

Pause déjeuner 

Versionning de code (Git) 

13:45-14:15 

Claire

05_presentation_git.html

05_presentation_git.tar.gz

05_presentation_git.pdf

TP Git

14:15-15:15

Claire

Usecase 2 - Développement (en local, exposition) 

Intro au usecase

15:45-16:00 

Claire

Premiers pas vers un environnement contrôlé : Conda

16:00-16:30 

Claire

Présentation de Github

Exposer son travail (GitHub/GitLab)

• Intégration github et jupyter

• DOI avec Zenodo

• GitHub Pages

16:30-17:30

Claire

Thomas

Mardi 14 juin

Distribuer son code et l’environnement (Docker)

9:30-11:30

Céline

Usecase 3 - cluster 

Intro au usecase

11:45-12:00

Gildas, Julien

Cluster de calcul de l’IFB (Jupyterlab, slurm) partie 1

12:00-12:45

Julien, Gildas

Pause déjeuner

Cluster de calcul de l’IFB (Jupyterlab, slurm) partie 2

13h45-14:30

Julien, Gildas

Workflow (Snakemake)

14:30-15:30 

Claire

TP Snakemake (Singularity)

Julien, Gildas

Conclusion - questionnaires évaluation

Claire, Céline

Mercredi 15 juin

Bilan des évaluations des participants et discussions sur les points d'amélioration

9:30-10:30

Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices)

10:30-12:30

Pause déjeuner

Travail sur le matériel de cours (diapos, exercices)

13:30:15:30

Conclusion

15:30-16:00