Topic outline

  • Présentation de la 2ème édition de l' Ecole d’Assemblage et d’Annotation AVIESAN – IFB – Inserm (2024).

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    Ecole thématique en Assemblage et Annotation de génomes à partir de données de lectures obtenues par séquençage à haut débit.
    Du     2 au 7 juin 2024, Station Biologique, Roscoff (http://www.sb-roscoff.fr/)

    L'assemblage et l'annotation de génomes ou métagénomes à partir de données de séquençage haut-débit (lectures courtes et/ou longues) sont aujourd'hui des activités fondamentales de la génomique et nécessitent des compétences spécifiques en bioinformatique. 

    L’école Assemblage & Annotation Aviesan - IFB- INSERM propose une formation complète aux biologistes qui souhaitent acquérir les compétences nécessaires à l'assemblage et l'annotation de (meta)génomes procaryotes ou eucaryotes. 

    Il s'agira en particulier d'introduire les concepts de base, d'utiliser les outils bioinformatiques récents du domaine et de procéder à l'interprétation des résultats. 

    La formation propose aux participants une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques ainsi qu'une séance de tutorat de l'équipe pédagogique pour élaborer un plan d’analyse, et initier le traitement de leurs données de séquençage, ou de celles de leur équipe.

  • Public visé et pré-requis

    Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) avec des jeux de données de séquençage à assembler et annoter (courtes et/ou longues lectures) de génomes ou métagénomes procaryotes ou eucaryotes. 

    Aucun pré-requis en bioinformatique n'est exigé. 

    Les séances pratiques auront lieu sous I'instance nationale Galaxy France usegalaxy.fr.

  • Objectifs pédagogiques

    Les objectifs de la formation sont

    • de comprendre les principes fondamentaux des algorithmes d'assemblage et annotation de génomes,
    • d'appliquer les outils récents du domaine sur des exemples de jeux de données fournis par l'équipe pédagogique,
    • d'être capable de comprendre et analyser les résultats de manière critique,
    • d'initier une stratégie d'analyse sur un jeu de données propre aux participants ou à leur équipe.

  • Modalités d'inscription

    Date limite de pré-inscription : 15 février 2024 (sélection des participants : fin février 2024). Si la demande dépasse notre capacité d’accueil (40 places, susceptible d’être adapté en fonction des conditions sanitaires  ), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription (voir le site Web pour la liste des critères). Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

    Renseignements : ecole-bioinfo@aviesan.fr

    Inscriptions : https://framaforms.org/inscription-formation-ebaii-assemblage-et-annotation-2024-1701095695

    Compte twitter : https://twitter.com/EBAI_Roscoff

    Frais d’inscription : 1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels.
    L’hébergement et la restauration sont inclus. Les frais de transport demeurent à la charge des participants.


  • Equipe pédagogique

    Coordination scientifique : Hélène Chiapello (IFB, INRAE), Erwan Corre (CNRS), Pauline François (ANSES), Rachel Legendre (Institut Pasteur), Matthias Zytnicki (INRAE).

    Formateurs et tuteurs : Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CEA, CNRS, INRAE, Ifremer, Inserm, Institut Pasteur, IRD. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d'AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).

    Coordination administrative : Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB.

    Numéro de déclaration de l’Inserm - organisme de formation : 11754553375


  • Programmes et supports

    Lundi 3 juin
    Horaire Titre Supports
    8h30-10h15 Introduction et présentation des participants et encadrants
    10h45-12h45 Introduction au séquençage Intro 1/2
    Intro 2/2
    12h45-14h15 pause déjeuner -
    14h30-16h00
    		 Introduction à Galaxy Intro Galaxy
    TP intro
    TP import data
    16h30-17h45 Contrôle qualité QC
    17h45-19h00 Tutorat
    		 -

    Mardi 4 juin
    Horaire Titre Supports
    8h30-10h15 Métriques QC assemblage  & TP
    10h45-12h45 Assemblage  Assemblage & TP
    12h45-14h15 pause déjeuner -
    14h30-16h00
    		 Polishing Polishing
    16h30-17h45 Assemblage de données métagénomiques 1/3
    OU
    Scaffolding     		 Assemblage métaG

    Scaffold & Data
    Juicebox
    17h45-19h00 Tutorat
    		 -


    Mercredi 5 juin
    Horaire Titre Supports
    8h30-10h15 Assemblage de données  métagénomiques 2/3 
    OU
    Annotation structurale : détection de répétitions    		 Assemblage métaG

    Répétitions & TP
    10h45-12h45 Assemblage de données  métagénomiques 3/3 
    OU
    Annotation structurale : prédiction de gènes    		 Assemblage métaG

    Intro annotation
    Busco
    TP annotation structurelle avec Funannotate, visualisation et BUSCO
    12h45-14h15 pause déjeuner -
    14h30-16h00
    		 Introduction à l'annotation de génomes procaryotes et présentation de Bakta
    OU
    Annotation structurale : visualisation, ARNlnc    		 Intro annotation

    TP annotation
    TP visualisation
    Annotation ARNlnc
    TP ARNnlc avec FEELnc
    16h30-17h45 Visualisation résultats Bakta avec Jbrowse et validation annotation structurale
    OU
    Annotation fonctionnelle : utilisation de EggNOG et InterProScan 1/2    		 Bakta et Jbrowse

    Annotation fonctionnelle
    17h45-19h00 Tutorat
    		 -


    Jeudi 6 juin
    Horaire Titre Supports
    8h30-8h35 Bonnes pratiques pour l'assemblage de génomes
    		 Tableau synthétique
    8h35-10h15 Annotation fonctionnelle : utilisation de EggNOG et InterProScan 2/2
    		 Annotation fonctionnelle
    10h45-12h45 Annotation relationnelle et plateformes d'annotation automatique
    OU
    Annotation fonctionnelle : analyse intra et inter-spécifique des familles de gènes    		 Annotation relationnelle & Plateformes automatique et DB spécialisées

    Annotation protein content
    12h45-14h15 pause déjeuner -
    14h30-16h00
    		 Construction d'un dataset de génomes procaryotes
    OU
    Annotation fonctionnelle : comparaison de gènes    		 Dataset public & Soumission de génome

    Annotation protein content
    16h30-17h45 Comparaison et déréplication d'un dataset de génomes procaryotes
    OU
    Introduction à la pangénomique eucaryote
    		 Dataset public & Soumission de génome

    Intro pangénomique euca
    17h45-18h45 Introduction à la pangénomique procaryote
    OU
    Introduction à la pangénomique eucaryote    		 Intro pangénomique pro

    Intro pangénomique euca & TP


    Vendredi 7 juin
    Horaire Titre Supports
    9h00-10h30 Tutorat
    10h45-12h15 Tutorat 
    12h15-12h45 Enquête d'évaluation
    12h45-13h15
    		 Débriefing et perspectives
    13h15 Clôture de l'école -

    Si vous avez besoin de poser une question, d'exposer un problème ou de faire une demande (plus de quotas, ajout d'un outil, etc), vous pouvez le faire sur le forum de l'IFB.