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Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit" édition 2023

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Practice_SARTools

Conditions d'achèvement

Analyse différentielle : exercices pratiques avec SARTools

  • Script RNASeq_DEA.r avec le paramétrage et étapes pour l'analyse différentielle
  • Fichier target.txt résumant le design experimental
  • dossier raw avec des tableau de comptes obtenus en sortie du pipeline bioinfo
    • rawraw
      • KO1_feature.outKO1_feature.out
      • KO2_feature.outKO2_feature.out
      • KO3_feature.outKO3_feature.out
      • WT1_feature.outWT1_feature.out
      • WT2_feature.outWT2_feature.out
      • WT3_feature.outWT3_feature.out
    • RNASeq_DEA.rRNASeq_DEA.r
    • target.txttarget.txt
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