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    • 01 - Analyse Bioinfo File
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    • 02 - Analyse différentielle File
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      Statistical aspects for Differential Expression Analysis and experimental design in RNASeq
    • Practice_SARTools Folder
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      Analyse différentielle : exercices pratiques avec SARTools

      • Script RNASeq_DEA.r avec le paramétrage et étapes pour l'analyse différentielle
      • Fichier target.txt résumant le design experimental
      • dossier raw avec des tableau de comptes obtenus en sortie du pipeline bioinfo
    • 03 - Analyses d'enrichissement File
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    • Practice - ORA & GSEA Folder
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      Analyses d'enrichissement

      • Script TP_GSEA_TP.R avec le paramétrage et étapes pour faire :
        • homogénéisation de l'annotation des gènes pour être compatible avec les bases de données de signatures (gene sets)
        • Over Representation Analysis (ORA)
        • Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
      • Fichier KOvsWT.complete.txt, issu du TP "Expression Différentielle"
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      Assemblage de Novo

    • RNA-seq de novo File
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    • 04 - Workflow & Conclusion File
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