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  • Généralités

    Tout replier Tout déplier


    Formation EBAII IFB Niveau 1 : Traitement des Données de Variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq du 17 au 22 novembre 2024. 



    Description : La formation EBAII IFB de niveau 1 propose une expérience d'apprentissage intensive conçue pour les biologistes, qu'ils soient ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs ou praticiens, qui sont confrontés à l'analyse de données NGS (Next-Generation Sequencing) mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.

    Contenu : Cette formation est structurée autour d'une combinaison de sessions théoriques et d'ateliers pratiques. Les participants auront l'occasion d'explorer diverses thématiques, notamment le traitement de données de variants, ChIP-Seq, Bulk RNA-Seq, et Single-Cell RNA-Seq. De plus, ils recevront une introduction aux technologies "long reads".

    Objectifs généraux:

    • Acquérir une compréhension approfondie des concepts liés à l'analyse de données NGS.
    • Maîtriser les outils informatiques nécessaires pour effectuer ces analyses.
    • Interpréter les résultats des analyses de données NGS.

    Durée : La formation s'étend sur une période de cinq jours, du dimanche 17 novembre à 18h au vendredi 22 novembre à 14h, offrant aux participants une immersion complète dans le domaine de l'analyse de données NGS.

    Environnement de Travail : Les participants seront exposés à un environnement de travail basé sur l'utilisation de commandes en ligne via un terminal Linux et du langage de programmation R. Aucune connaissance préalable de ces environnements n'est nécessaire, mais les participants seront encouragés à suivre une autoformation en ligne avant le début de la formation pour faciliter leur prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques. 

    Tutorat Personnalisé : Les participants bénéficieront d'un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d'analyse et pour effectuer les premières étapes du traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe. Il est important de noter que le tutorat ne vise pas à réaliser l'analyse complète des données des participants, mais plutôt à les guider dans le processus.

    Langue : Tous les cours de cette formation seront dispensés en français, les supports de cours sont en anglais.

    Lieu : Les cours se dérouleront à Roscoff, à l'Hôtel de France.

    Inscriptions : https://ebaii-ngs-niveau1-2023.pasteur.cloud/

    Frais d'Inscription : Les frais d'inscription s'élèvent à 1000€ HT pour les participants académiques et EPIC, et à 2500€ HT pour les participants industriels. Ces frais comprennent l'hébergement et la restauration, mais les frais de transport restent à la charge des participants.

    Modalités d'inscription : Date limite de pré-inscription : 14 juin 2024 (sélection des participants : fin juin 2024). Chaque année la demande dépasse de loin notre capacité d’accueil (40 places), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.

    Coordination scientifique : Erwan Corre (CNRS), Matthias Zytnicki (INRAE), Rachel Legendre (Institut Pasteur), Lucie Khamvongsa-Charbonnier (IFB).

    Formateurs et tuteurs : Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRAE, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université, Université de Lille. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et de l'INSERM (Institut national de la santé et de la recherche médicale).

    Compte twitter : https://twitter.com/EBAI_Roscoff

    Informations : ecole-bioinfo@groupes.renater.fr

    La formation EBAII IFB Aviesan Niveau 1 offre une opportunité unique pour les professionnels de la biologie de développer leurs compétences en bioinformatique et d'acquérir une compréhension approfondie de l'analyse de données NGS, le tout dans un environnement d'apprentissage intensif et pratique.



  • Cours communs


    Horaire Titre  Orateur  Support
     Lundi 18 novembre 
    		      
     8h30-8h50
    		  Intro Cluster 
    		  Gildas Le Corguillé     
     Julien Seiler     		  Slide
     9h00-10h15   Intro Linux  Pauline François
     Mathieu Genete
     Elise Jacquemet
     Claire Toffano-Nioche
    		 Slide (commandes)
     Slide (aide)
     Bonus (GameShell)
     10h15-10h45  Pause café    
     10h45-12h45  Linux Arborescence   Pauline François
     Mathieu Genete
     Elise Jacquemet
     Claire Toffano-Nioche    		  Slide (arborescence)
     Slide (commandes de base)
     Slide (manipulation de fichiers)
     14h30-15h00  Intro NGS  Claude Thermes
     Morgane Thomas-Chollier     		  Slide
     Vidéo synthétique (7min-Youtube)  
     15h00-16h00  Qualité des lectures  Emilie Drouineau
     Pauline François
     Mathieu Genete
    		  Slide
     16h00-16h30  Pause café    
     16h30-17h45  Mapping  Emilie Drouineau
     Pauline François
     Mathieu Genete
     Claire Toffano-Nioche
    		  Slide
     18h00-19h00  Exposé d'ouverture: Long reads   Claude Thermes  Slide
     Mardi 19 novembre      
     8h30-10h15  IGV  Sarah Farhat
     Bastien Job
     Jean-Pascal Meneboo
    		  IGV_documentation
     IGV_practical
     IGV_data
     Mercredi 20 Novembre       
     8h30-10h15  Intro R  Elodie Darbo
     Elise Jacquemet
     Olivier Kirsh
     Audrey Onfroy
    		  Slide
     Données csv, tsv, xlsx   
     Jeudi 21 Novembre      
     10h45-11h15  Demo cluster  Gildas Le Corguillé     
     Julien Seiler     		  Slide
     Notebook
     11h15-12h45  Manipulation de données  Nadia Bessoltane
     Pauline François
     Claire Toffano-Nioche
    		  TD

  • Atelier ChIP-seq

    Horaire Titre  Orateur  Support
     Mardi 19 novembre 
    		      
     10h45-12h45
    		  Design expérimental, qualité 
    		  Stephanie Le Gras   Slides
     Hands-on     
     14h30-16h00  Mapping  Stephanie Le Gras Slides
     Hands-on
     16h00-16h30  Pause café    
     16h30-17h45  Normalisation  Tao YeSlides
     Hands-on 
     17h45-19h00  Tutorat    
     Mercredi 20 novembre       
     10h45-12h45  Peak-calling  Tao Ye  Slides
     Hands-on 
     14h30-16h00  Temps libre    
     16h00-16h30   Pause café    
     16h30-17h45  Analyse de motifs  Morgane Thomas-Chollier
    		  Slides
     Hands-on 
     17h45-19h00  Annotation des pics  Elodie Darbo  Slides
     Hands-on 
     Jeudi 21 novembre      
     8h30-10h15  Scripting/workflow  Rachel Legendre
    		  Notebook 
     14h30-19h00  Tutorat    
     Vendredi 22 novembre      
     8h30-12h45  Tutorat    

  • Atelier Variants

    Marqué

    HoraireTitre Orateur Support
     Mardi 19 novembre 
    		   
     10h45-11h00
     11h00-12h45
    		 Introduction
     Processing Post-Alignement     		 Nadia Bessoltane
     Vivien DESHAIES
    		 html
     html    
     14h30-16h00 Small Variant Calling & annotation
    		 Vivien DESHAIES
    		 Slide
     html
     16h00-16h30 Pause café  
     16h30-17h00 Small Variant Calling & annotation Vivien DESHAIES 
     17h00-19h00 Structural variant calling
    		  Gabriele Adam Slide
     html
     Mercredi 20 novembre    
     10h45-11h30
    		 Quelques fonctions utiles sous R
    		 Nadia Bessoltane Slide
     10h30-12h45
    		 Manipuler les variants sous R Nadia Bessoltane Slide
     html
     14h30-16h00 
     16h00-16h30    		 Temps libre 
     Pause café    		  
     16h30-17h45 Manipuler les variants sous R Nadia Bessoltane
    		 tar.gz
     17h45-19h00 Tutorat
    		 
     Jeudi 21 novembre   
     8h30-10h15 Scripting/workflow Gabriele Adam
    		 html
     14h30-19h00 Tutorat  
     Vendredi 22 novembre   
     8h30-12h45 Tutorat  

  • Atelier RNA-seq

     Horaire  Titre  Orateur  Support
     Mardi 19 novembre 
    		      
     10h45-12h45
    		  Bio-informatique
    		 Sarah Farhat
     Claire Toffano-Nioche  
    		  Slide
     TD (pour JupyterLab ou en HTML)  
     14h30-16h00  Bio-statistique (1/2)
    		  Charlotte Berthelier
     Elise Jacquemet
    		  Slide
     16h00-16h30  Pause café    
     16h30-17h45  Bio-statistique (2/2)   Charlotte Berthelier
     Elise Jacquemet    		  cf matin
     17h45-19h00  Tutorat    
     Mercredi 20 novembre       
     10h45-12h45  SARTools en pratique  Charlotte Berthelier
     Elise Jacquemet    		  TD (en R)
     Données (à dézipper)
     14h30-16h00  Temps libre    
     16h00-16h30  Pause café    
     16h30-17h45  Analyses d'enrichissement 
    		 Jean-Pascal Meneboo
     Audrey Onfroy
    		  Slide
     TD (en R ou en HTML)
     Données du TD
     17h45-19h00  Assemblage de novo
    		  Erwan Corre
     Mathieu Genete
    		  Slide
     Jeudi 21 novembre      
     8h30-10h15  Scripting / workflow  Charlotte Berthelier
     Audrey Onfroy
     Claire Toffano-Nioche    		  Slide
     14h30-19h00  Tutorat    
     Vendredi 22 novembre      
     8h30-12h45  Tutorat    

  • Atelier Single-cell RNA

    HoraireTitre Orateur Support
     Lundi 18 novembre    
     16h30-17h45 Introduction scRNAseq Morgane Thomas-Chollier
    		 Slide
     Mardi 19 novembre 
    		   
     8h30-8h45 IGV Emilie Drouineau Slide
     8h45-10h15
    		 Mapping to counts  Eulalie Liorzou  Slide    
     10h15-10h45 Pause café  
     10h45-11h15 Connexion à OoD-Rstudio Emilie Drouineau Slide
     11h15-12h00 R/Rstudio : théorie Emilie Drouineau Slide
     12h00-12h45 Introduction Rmarkdown Audrey Onfroy From R to Rmd
     Example (en R, en HTML) 
     14h30-16h00 PREPROC.1
     . SOv5 /datasets
     . Droplets filtering
     . Ambient RNA    		 Bastien Job Slide
     TD : Notebook (html)
     16h00-16h30 Pause café  
     16h30-17h30 PREPROC.2
     . Counts & metrics     		 Audrey Onfroy TD: Notebook 
     17h30-17h45 Workflow 
    		 
     17h45-19h00 Tutorat  
     Mercredi 20 novembre    
     8h30-9h30 PREPROC.3
     . Filtering
     . Cell cycle
     . Doublets    		 Bastien Job TD: Notebook
     Slides Objet Seurat
     9h30-10h15 PROC.1 (début) Normalisation  Nathalie Lehmann  Slide
      Notebook
     10h15-10h45  Pause café  
     10h45-12h45 PROC.1 (fin)
     Normalisation
     Scaling
     Régression    		 Nathalie Lehmann (suite)
      14h30-16h00
    		 Temps libre  
     16h00-16h30
    		 Pause café
    		  
     16h30-16h40
    		 Workflow
    		  
     16h40-17h45 PROC.2
     . DimRed
     . Clustering
     . Visualisation    		 Bastien Job Slide
     Notebook 
     17h45-18h30 Intégration Nathalie Lehmann Slide
     Notebook 
     18h30-18h45 Workflow  
     Jeudi 21 novembre   
     8h30-9h30 DEA Thibault Dayris Slide
     Notebook 
     9h30-10h15 Annotation cellules (début) Eulalie Liorzou Slide
     Notebook
     10h15-10h45 Pause café  
     10h45-11h00 Annotation cellules (fin) Eulalie Liorzou 
     11h00-12h00 GSEA Thibault Dayris Slide
     Notebook 
     12h00-12h45 BILAN Workflow
     ouverture / Q&A    		 Morgane Thomas-Chollier
    Bastien Job    		 
     14h30-19h00 Tutorat  
     Vendredi 22 novembre   
     8h30-12h45 Tutorat