Institut Français de Bioinformatique - Les formations
Passer au contenu principal
Cours
Tous les cours
Recherche de cours
Français (fr)
English (en)
Français (fr)
Vous êtes connecté anonymement (
Connexion
)
Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm "Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit" édition 2023
Accueil
Cours
Formations analyse de données de séquençage haut d...
Ecole de Bioinformatique Aviesan - IFB - Inserm (E...
Niveau 1 débutant
EBAII Niveau 1 2023
Atelier scRNA-seq
TP- Basic analysis (Rmd)
TP- Basic analysis (Rmd)
Cliquer le lien
basic_analysis_Rmd.Rmd
pour afficher le fichier.
◄ TP- Basic analysis (R)
Aller à…
Aller à…
Annonces
Jupytherhub IFB
Introduction à Linux, qualité et mapping
Metadata du cours Introduction à Linux
Exposé d'ouverture: long reads
intro_R
Support de présentation cluster IFB
Tutoriel SLURM
Croisement et intégration des données
Présentation croisement de données
Correction du TP croisement
IGV tutorial
IGV pratique
Data
Partie théorique
Partie pratique
Introduction aux workflows
workflow code
01 - Analyse Bioinfo
02 - Analyse différentielle
Practice_SARTools
03 - Analyses d'enrichissement
Practice - ORA & GSEA
RNA-seq de novo
04 - Workflow & Conclusion
Introduction, alignement et post-processing
Détection et annotation de petites variations génomiques
Détection de variations structurales
Manipulation de tableaux sous R
Manipuler des VCFs sous R
Manipuler des VCFs sous R : TP
Workflow & scripting
Ressources techniques
Liens utiles
Des reads à la matrice de comptage
Préparation de la matrice de comptages
Normalisation et visualisation
Analyse des gènes, annotation des types cellulaires
Intégration de données
Inférence de trajectoire et RNA velocity
Analyses single cell - Beyond
Rapport CellRanger #1
Rapport CellRanger #2
Rapport CellRanger #3
Description de l'objet Seurat
Metadatas atelier scRNA-seq
Utilisation de JupyterHub
Cours- Introduction à R avec Rstudio
Cours- Introduction à Rmd
TP- Basic analysis (R)
TP- Basic analysis (html)
Cours- Technologies QC Mapping (Morgane Thomas-Chollier)
Cours- IGV (Sophie Lemoine)
Cours- Construction de la matrice de comptage (Nathalie Lehmann)
Cours- Preprocessing de la matrice de comptage (Bastien Job)
TP- Preprocessing (1/2)
TP- Preprocessing (2/2)
Cours- Normalisation et scaling (Nathalie Lehmann)
TP- Normalisation et scaling des données de comptage
Cours- Visualisation, réduction de dimensions et clustering (Audrey Onfroy et Nathalie Lehmann)
TP- Réduction de dimensions et visualisation (HTML)
TP- Réduction de dimensions et visualisation (RMD)
Cours- Régression de covariables (Bastien Job)
Cours- Differential Expression Analysis (DEA)
TP- DEA single-cell
Cours- Annotation des cellules
TP- Annotation des cellules (HTML)
TP- Annotation des cellules (RMD)
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
TP- GSEA single-cell
Cours- Intégration de données
TP- Intégration de données (HTML)
TP- Intégration de données (RMD)
TP- Basic analysis (html) ►