Normalisation et visualisation
Cours normalisation & scaling - Nathalie Lehmann
Cours régression de variables - Bastien Job
- Chargement d'un objet Seurat
- Normalisation de la matrice de comptage comptages bruts (LogNormalize, SCTransform)
- Détection des gènes les plus variables (HVG, Highly Variables Genes)
- Mise à l'échelle des HVG (scaling) (transformation en Z-scores)
Cours visualisation - Nathalie Lehmann et Audrey Onfroy
TP Visualisation (version RMD ou version HTML)
- Chargement d'un objet Seurat
- Première réduction de dimension : PCA (Principal Components Analysis) → 50-100 dimensions
- Deuxième réduction de dimension : UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection) → 2 dimensions (souvent)
Cours régression de variables - Bastien Job
This document presents a playful description of bias regression
Modifié le: Friday 10 November 2023, 16:24